如何看待 Nature 研究揭示 CRISPR 介導的基因編輯造成大範圍的 RNA 脫靶突變?

時間 2021-05-12 07:08:46

1樓:

Nature這篇文章分兩步,第一步告訴大家目前常用的基因編輯工具CBE(Cytosine Base Editor,胞嘧啶單鹼基編輯器)除了修改DNA外,大量修改RNA,造成脫靶;第二步,改造CBE,RNA脫靶降低上千倍,解決了問題。

這裡的CBE,指的是拿Cas9的蛋白骨架,融合胞嘧啶脫氨酶APOBEC產生的新酶。sgRNA引導Cas9去特定的基因組位置;APOBEC把DNA上的C變成T。兩者融合,可以定點改造基因。

但其實APOBEC原本在人體主要負責把RNA上的C變成U,本身主要是個編輯RNA的酶(少數編輯DNA)。當時為了把它應用到DNA上,挑選了可以編輯DNA的APOBEC,做成目前版本的CBE。CBE的RNA編輯活性究竟有沒有完全去除,還是個問題。

這篇文章通訊作者是Editas聯合創始人之一J. Keith Joung。Editas公司就是搞基因編輯的,CBE的RNA脫靶問題,早晚有人會發現,自然得解決問題。

這次自己發文章優化了CBE,Editas股價還會大跌,有點意思。話說……股價有漲有跌才能賺錢麼(手動微笑)。

2樓:疏狂書生

標題黨害死人啊,昨天晚上票圈裡好些人轉了這個推文

這個發現不是針對常規的CRISPR/Cas9技術,而是就這兩年發現的一種Cas蛋白-gRNA介導的鹼基編輯的技術,認為其存在著廣泛的脫靶效應。

經典的CRISPR/Cas9技術類似於一段RNA定位到目標位置之後,用乙個cas蛋白,像剪刀一樣的把目標剪開,再借助同源修復或者別的修復,把這個剪開的接回去,接回去的過程中完成基因編輯。但是最近發現的這個技術,本質上不是把目標序列剪開,他用的Cas蛋白甚至是不具有DNA切割的能力的,而是借助另一種酶直接實現對目標鹼基的改變,可以直接把C改成T,或者A改成G,具體機理是這樣的:

這個技術同樣存在PAM,存在編輯視窗,感興趣的可以具體去看這篇文獻

Base editing: precision chemistry on the genome and transcriptome of living cells.

具體怎麼評價,我只能說當時上課講到這個的時候就覺得不靠譜,但是如果能限制APOBEC1的活性以及空間分布,這個技術也不一定就涼了。總的來說在基因編輯領域,越新的技術出么蛾子的概率越高,Cas蛋白-gRNA介導鹼基編輯技術,如果我沒記錯的話17年左右才開始出現的,一年多的時間發現脫靶什麼的太正常了,不要大驚小怪的。

其實就算不脫靶,同義突變之後的序列的mRNA活性,以及其與一些lncRNA的互作都會受影響,所以臨床的大範圍的應用早得很呢

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