1樓：
總體來說，hg38相對於 hg19是乙個巨大進步。
改變了之前的一些測序錯誤，組裝錯誤。直觀的例子有 degenerate bases 少了很多。
補上了hg19中的很多gap。 特別重要的是 centromere 的序列也不再是空白。hg19的時候，centromere 的部分直接就是gap， hg38後，開始有了 a-satellitle sequences。
儘管只是「簡單」的表現了 a-satellite repeats， 已經是乙個巨大的提公升。
sequence 改了之後，相應的 annotation 也改了很多。比較巨集觀的就是 hg38 的 exome 比hg19 的大了不少。如果我的記憶沒出錯的話，大了25% 左右。
所以，做設計，做分析，都換到hg38吧。
PS1：我記得hg39的工作被無限期暫緩了。
PS2: 貌似hg38提取DNA的時候用到了hydatidiform mole。
2樓：凱瑞
hg38比hg19多了一些測序位點，導致整個基因組的位置都發生了偏移。對於一些新發現的有趣的位點可能只在hg38中找得到，hg19沒有相關資訊，但是對於絕大多數已知的位點，兩個ref裡都會有相應的位置。很多軟體都可以進行兩個ref之間互相換算，一般來講，所有的資料分析都用同一種ref就可以了，沒有什麼差別。
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