1樓：小布
分子動力學方法最早可以追隨到20世紀50年代。2023年，Alder與Wainwright利用硬球模型進行了最早的分子動力學模擬，其中原子僅通過碰撞相互作用。隨後，Rahman利用連續的勢能模擬氬原子相互作用。
20世紀70年代，隨著計算機的普及，分子動力學模擬被應用於更複雜的體系，2023年，第一次將分子動力學模擬用於蛋白質體系（小牛胰蛋白酶抑制劑，BPTI），此次模擬時間僅有9.2ps。而在2023年，此模擬的時間已經被延長至1ms。
此外，最早的BPTI模擬中只包含約500個原子，而不是現在的 - 個原子。這一進步很大程度上是源於計算能力指數型的增長，當然理論及方法的發展也起到了至關重要的作用。
分子動力學模擬是基於力場的。而力場實際是一套勢能的分割方案以及一些引數組成的。在力場中，勢能被分成簡單的兩體勢，三體勢，四體勢，范德華作用及靜電作用等。
而那些引數主要從小分子的實驗或者量子化學計算獲得，並且假設這些分子可以轉移到大分子上。
分子動力學（Molecular Dynamics）方向的博士值得讀嗎？
士多啤梨味的ink 想知道前輩們都怎麼樣了，我是今年新生，老師說這四年都是做分子模擬了，我是土木行業的，很迷茫，不知道搞這個以後出路怎麼樣，這個算學科前沿嗎 何大大 這個個人覺得主要看題主具體做哪個方向了，是研究MD中分子力場的構建，還是分子建模研究材料效能，如果是前者則需要深厚的數學物理背景。至於...
lammps（分子動力學）和abaqus（有限元）哪個軟體對於商用實際生產價值更大一些？
嗯好 這個問題主要從時間和空間兩個角度來看，既然是要應用在實際生產中，那實際問題的尺度是多大呢？空間方面 現在一般的分子動力學 lammps 能模擬的系統大概幾奈米，幾十奈米就算大了。而實際生產中很少有這麼小的系統。有限元 abacus 因為是連續介質力學，所以尺寸只要不是奈米級不是問題，幾厘公尺幾...
分子動力學模擬是化學嗎？
首先化學並不只是包含化學反應才叫化學，有機化學在講有機反應，介面化學呢？膠體化學呢？等等。你看看物理化學裡面有多少內容是講反應的呢？而同樣地，分子動力學模擬也是乙個很大的東西，做化學反應有關的模擬只是很小的一部分，而且也不是分子動力學最擅長的。捕捉過渡態，研究反應機理是量化擅長的。分子動力學模擬更多...