1樓：「已登出」
對於尺寸限制，樓主首先要分析需要研究的現象可能哪些結構有關，然後單獨提取出這些微觀結構進行建模，這樣，尺寸就小很多了，如果相關的結構不確切，或者太多，沒法縮減，就只能靠堆算力了，清華大學和IBM不是還曾經合作算過上億個原子的體系麼，當然，代價很大。
更關鍵的問題其實是原子間相互作用勢。原子在材料表面的行為，分為分子的解體、原子的吸附、外界向內部的互擴散、原子在材料內的自擴散過程，原子間相互作用勢簡化過多，往往不能正確描述整個流程，所以要確定這個事情能不能做，樓主首先要做的是找到若干種不同的勢引數，然後試驗能不能正確的描述整個流程，或者要求低一點，能不能正確描述其中某幾個樓主感興趣的過程，找不到，則萬事皆休。
如果合理的勢找不到，樓主可能只能採用第一性原理或經驗的辦法，但第一性原理限於計算能力，能算的體系很小，有時候更不容易找到相關的結構，經驗的辦法則是從實驗文章中找引數，然後用有限元或相場去模擬，不過尺度一般不會達到原子級，而且需要自己寫程式。
祝好運吧。
分子動力學模擬是化學嗎？
首先化學並不只是包含化學反應才叫化學，有機化學在講有機反應，介面化學呢？膠體化學呢？等等。你看看物理化學裡面有多少內容是講反應的呢？而同樣地，分子動力學模擬也是乙個很大的東西，做化學反應有關的模擬只是很小的一部分，而且也不是分子動力學最擅長的。捕捉過渡態，研究反應機理是量化擅長的。分子動力學模擬更多...
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分子動力學模擬中，模擬盒子的作用是什麼？
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