1樓：
EoMD:
Elements of Molecular Dynamics,
技術大全。看了能寫出code。本來是配合DL_POLY的，但是單拿出來也十分有用。
另外有一本Jurg Hutter的從頭算分子動力學和另一本材料模擬的書
2樓：
19年更新：我同事Mark Tuckerman寫的Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation 特別好，裡面有很多方法的推導，學MD必讀。
還有個經典書籍：Allen & Tildesley，Computer Simulation of Liquids， Oxford University Press, 2023年新出的第二版
3樓：
The Art of Molecular Dynamics Simulation
然後按照書上的內容自己寫乙個簡單的simulation demo。就算是入門了。
4樓：清微
英文：The Art of Molecular Dynamics Simulation (Second Edition)——D. C. Rapaport
Computer Simulation of Liquids——M. P. Allen, D. J. Tildesley
Molecular Modeling and Simulation: An Interdisciplinary Guide (2nd Edition)——Tamar Schlick
Molecular Dynamics Simulation: Elementary Methods——J. M. Haile
A Practical Introduction to the Simulation of Molecular Systems(Second Edition)——Martin J Field
Intermolecular Interactions: Physical Picture, Computational Methods, and Model Potentials——Kaplan I.G.
中文：《計算化學——從理論化學到分子模擬》陳敏伯
《統計力學——理論化學用書》陳敏伯
《分子模擬的理論與實踐》 陳正隆
《分子模擬——理論與實驗》苑世領，張恒，張冬菊
《分子模擬實驗》王寶山，侯華
5樓：G Jessie
各種分子軟體都是黑盒子，基本上按照tutorial做一遍就會做了，平時遇到問題多看manual或者搜尋mailing list，基本所有問題都能解決。
6樓：Tiid
我現在是在做，multi-scale modeling，多尺度建模。從量子力學，分子動力學一直到有限元分析。量子力學不太懂，主要是導師在做。
自己做分子動力學，和有限元分析。分子動力學我用的是LAMMPS。感覺LAMMPS網上的說明書很好，很詳細。
你需要什麼樣的限制條件都可以找出來。覺得多讀讀那個。不過還是有個導師教你比較好。
我總覺得LAMMPS這個東西，資源是開放的。各種POTENTIAL，模擬方法層出不窮，良莠不齊。各種引數也是相當多。
很雜亂。有時候光有理論基礎了，模擬是也會出現相當多的問題。
7樓：
高票答案已經說過了。
"Computer Simulation of Liquids"---Allen & Tildesley
8樓：XIAO JJ
推薦一本大家沒推薦過的書吧。Molecular modeling and simulation : an interdisciplinary guide / Tamar Schlick.
我想這本書會適合題主的。
9樓：初寶德
說來慚愧，也做這個方向有一段了，一直沒有把 @傅渥成 提到的那幾本書看完過，《分子模擬：從演算法到應用》一直放在手邊，有些地方講得還是蠻清楚的。不過有點統計力學的基礎再讀這本可能會更順暢些。
10樓：
Statistical Mechanics: Algorithms and Computations在Coursera的課程剛剛結束，建議LZ可以去看看。PS：
Coursera.org課程鏈結
11樓：Legend
說說我個人的入門經歷：
1. 基本的是要熟悉LINUX作業系統，會寫Shell 指令碼，熟悉awk，sed和grep。這些會對後期處理資料帶來極大的方便。
會編寫C程式。分子動力學軟體Gromacs也自帶了一些分析命令，但很有限。如果要得到自己想要的一些物理量，如摩擦係數，團簇分布，擴散係數之類的，很多得自己程式設計。
至於如何通過程式設計計算這些物理量， @傅渥成 提到的那書很經典，還有是通過找相關的分子動力學的文獻，去看他們是怎麼定義，怎麼計算的。
2. 至少熟悉一門分子動力學的軟體。比如Namd, Lammps, Gromacs.
Namd可以自己修改分子間作用函式的形式（一般的分子動力學軟體只能修改作用函式的LJ和電量等引數），可以自己寫Tcl指令碼控制計算流程，並且和後期的視覺化軟體VMD結合非常緊密。Gromacs最大優點是計算速度快，並行效率高，主要針對大分子如蛋白質和水的體系。我選擇了Gromacs。
3. 接下來看Manual, 不需要細看，一些基本原理了解下，有個大概印象就行。但尤其注意大概的流程，需要準備哪些檔案（Gromacs：
系統構型檔案.gro/.pdb，分子引數檔案.
itp/.top，執行的引數配置.mdp）如何準備輸入檔案之類的內容。
4. 找乙個和自己要研究的系統類似的例子，可以程式自帶的，也可以是文章中的。看看輸入檔案如何寫，每乙個內容代表什麼意思，再回到Manual中去找。
執行程式的時候出現的問題和報錯都會給出很多有用的資訊。遇到問題可以去分子模擬論壇，或者直接Google.
最好能夠先明白自己需要解決什麼問題，要建立怎樣的模型通過軟體來實現。分子動力學模擬能駕馭的時間尺度，一般是幾十-幾百納秒，大的有微秒的量級。空間尺度的話，對於水溶液，蛋白體系，邊長為8-10nm就已經很大了，如果要計算幾十納秒，沒有一定量的cpu資源根本不夠。
比如我自己的體系做過大約7.2*7.2*7.
2 nm的，64cpu計算核心，主頻1Ghz，每天能算15ns，算了10天的樣子。
實驗中的可以影響結果的因素太多了，但哪個是最本質的，要如何用分子動力學的模擬和你的實驗結果方面的東西結合，最重要的是多查查相關文獻，看看別人是怎麼聯絡起來解決問題的，主要分析什麼物理量能抓住問題的本質。不知道你是做什麼方向的，就我自己看過的文獻中，用分子動力學做生物方面的在PNAS上有很多的文章。或者可以看看周如鴻，Pablo G.
Debenedetti, Lipowsky, R. , Chandler, Xiaocheng Zeng.這些都是分子動力學模擬的大組。
分子動力學模擬是化學嗎？
首先化學並不只是包含化學反應才叫化學，有機化學在講有機反應，介面化學呢？膠體化學呢？等等。你看看物理化學裡面有多少內容是講反應的呢？而同樣地，分子動力學模擬也是乙個很大的東西，做化學反應有關的模擬只是很小的一部分，而且也不是分子動力學最擅長的。捕捉過渡態，研究反應機理是量化擅長的。分子動力學模擬更多...
獨立的分子動力學模擬的trajectory怎麼樣合理的取其平均的資料？
最近剛剛理解了初始速度的含義 指定初始的速度時會有乙個引數叫seed 這個seed是乙個自己指定的正整數，下一次重跑的時候用這個seed，這樣模擬就是可重複的 不過這個問題下大多數的術語還看不懂啊嗚嗚 G Jessie 我接著JimKarrey的答案補充幾點 1.在模擬達到平衡的前提下，進行簡單的算...
分子動力學模擬中，模擬盒子的作用是什麼？
Legend 模擬盒子通常要和週期性邊界條件 PBC 聯用，維持系統的粒子數守恆 在一定大小的盒子中，也方便實現不同系綜需要的等體，等壓的條件 模擬盒子也為容納構型提供空間。之前的幾位答主提到了PBC。PBC的使用帶來的artificial問題 最常見的就是finite size effect 需要...