1樓：
首先化學並不只是包含化學反應才叫化學，有機化學在講有機反應，介面化學呢？膠體化學呢？等等。
你看看物理化學裡面有多少內容是講反應的呢？而同樣地，分子動力學模擬也是乙個很大的東西，做化學反應有關的模擬只是很小的一部分，而且也不是分子動力學最擅長的。捕捉過渡態，研究反應機理是量化擅長的。
分子動力學模擬更多的是解決與熱力學和動力學有關的化學問題，就比如題主所做的蛋白質裡面的氫鍵，並不是乙個化學反應，但氫鍵確實是化學問題，而且是很重要的化學問題。所以你做的除了是生物問題，是不是也是在做化學呢？
2樓：
分子動力學當然是化學，最早就是理論物理化學家創造出來的。
現代化學很多問題不一定有化學鍵的斷裂和生成才叫化學，例如溶劑化動力學（solvation dynamics），振動弛豫（vibrational relaxation），輻射和非輻射電子弛豫，以及光合作用中的能量傳遞和光伏（太陽能）材料裡的電荷轉移等，這些都可以用MD為工具研究。而且 @葉洪舟 說的很好，力場已經擬合了絕大部分電子的量子作用。再加上更多的半經典動力學semiclassical dynamics，混合量子經典Mixed quantum-classical dynamics以及基於路徑積分的方法都是基於分子動力學的。
所以誰如果告訴你范德華力或者氫鍵這種弱相互作用不是化學，基本可以斷定不是專業人士。
3樓：
新科諾獎goodenough，學物理出身，最得意的工作是mott相變，最後靠鋰電拿了諾貝爾獎。這種事還有很多。現在不流行按數理化生分學科。
流行按「搞電池的」，「搞宇宙的」，「搞基因」，「搞燃燒的」，「搞催化的」。。。。這樣的研究領域來分科。比如「搞基因」的，學數理化生出身的人都有，到頭來都來搞基因。
分子動力學模擬，搞材料，搞生化，搞細胞，搞統計物理，搞電池的都有在用。
4樓：
這個問題的本質在於我們對化學的定義，也就是說必須有鍵的生成和斷裂，在微觀層面上來說就是電子密度發生了變化。但是其實這個「鍵」的定義其實是比較模糊的，直觀上來說，可能只有共價鍵才叫真正的「鍵」。但是其實離子鍵，金屬鍵其實也是鍵啊。
但是，HCl本來是共價鍵，進入水中變成變成離子鍵，這個過程是否化學似乎不太有定論。還有NaCl溶於水中，嚴格來說其實也是化學反應，因為發生了離子鍵的斷裂，原子們變成了水合物，但是直覺上覺得溶解是乙個物理過程。
如果我們把氫鍵也當成一種「鍵」的話，那麼其實分子動力學模擬是化學的。
氫鍵到底是不是化學，肯定是的，53年pauling獲得化學獎，很大程度是他提出了氫鍵的概念。前幾年超分子獲得化學獎，超分子之間主要靠氫鍵鏈結。如果DNA解鏈了，那它就不是DNA了。
因為在分子模擬過程中，不斷發生著氫鍵的生成和斷裂。所以，從這個角度來說，分子動力學是化學的。
5樓：數學優先
2） 目前分數理化這些分類法，以後的社會大概率會大改；
3） 人要以興趣而學，但哲學、管理、數學物理、歷史、計算機是必學的。
6樓：
是化學，畢業時可以關注晶泰科技的招聘，常年招聘分子模擬工程師、計算化學工程師等等。
晶泰科技(XtalPi)是一家以計算驅動創新的藥物研發科技公司，以計算化學及量子物理學、人工智慧及機器學習演算法、大規模高效能雲計算為核心，圍繞整個藥物研發過程，打造行業性的藥物研發新引擎，得到了包括輝瑞在內的多家世界頂級藥企及科研機構的長期訂單與高度評價。
公司官網：http://www.
7樓：
化學行為本質上是一種量子效應或一組量子效應。
在上述的方程組中作為量子效應的化學鍵作用全部體現在勢能 中。而勢能 又取決於全體核的位置，勢能可以通過量化的方法精確計算，或者通過力場的方法近似計算出來。
8樓：賈明子
當然算是。且不說有答主指出問題中的錯誤，分子動力學模擬確實是有包括電子的，就算是麥克斯韋和玻爾茲曼時代的經典分子動力學，把分子當成彈性小球對待，那也是物理化學課程的必學內容啊。
9樓：邵燁程
分子動力學模擬是經驗。
第一性原理的基本模型是離子和電子，方程是量子力學的方程，相互作用可以直接計算，計算結果可以顯式地看到電子的密度，但是無奈複雜度太高。
分子動力學的基本模型是原子，方程是經典力學的方程。但是物理上原子和原子並不直接相互作用，如何如何在沒有電子的情況下刻畫他們的相互作用呢？這個時候就需要勢（interatomic potential）或者力場（atomic force field ）。
第一性原理的計算中，是通過離子位置，求解電子密度，再得到離子受到的力，而勢所做的就是通過函式擬合，跳過電子，直接通過離子位置近似出離子的力和能量。這種擬合一定程度上是準的。
所以這麼說來，用分子動力學算東西不是化學，因為所有計算結果只是勢的性質，而不是物質的性質。是牛頓力學而不是化學。但是勢是對電子的貢獻的近似，所以如果勢足夠準，那結果就可以當成是化學。
10樓：Dr.張狒狒
你的問題描述裡顯示你用過這個東西吶。
首先，分子動力學模擬是乙個工具系列。
掃瞄電子顯微鏡是電子學嗎？問題問的不好。
MD模擬物理化學都可以用，材料也用，工程也用（不多），大資料也用（不多）。
其次，MD有的系統可以成鍵，觀察鍵的變化，電子雲分布，能量變化等等等等。
要說MD裡面有沒有考慮化學反應，有的工具有，有的工具沒有。
當然小到這個級別，物理/化學分的已經不開了。
11樓：Sion Wang
首先，我們要思考：化學的本質是什麼？化學反應的本質是什麼？這兩個問題一樣嗎？
化學並不是由是否存在反應定義的。事實上，原子尺度的大多數問題都屬於化學有所涉及的領域——除非你要把物理化學開除化學陣營。在這個意義上，只要你用MD研究的是化學問題，那它就是在做化學。
不過對於那種跑軌跡看構象的研究，我還是持保留意見的。
獨立的分子動力學模擬的trajectory怎麼樣合理的取其平均的資料？
最近剛剛理解了初始速度的含義 指定初始的速度時會有乙個引數叫seed 這個seed是乙個自己指定的正整數，下一次重跑的時候用這個seed，這樣模擬就是可重複的 不過這個問題下大多數的術語還看不懂啊嗚嗚 G Jessie 我接著JimKarrey的答案補充幾點 1.在模擬達到平衡的前提下，進行簡單的算...
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士多啤梨味的ink 想知道前輩們都怎麼樣了，我是今年新生，老師說這四年都是做分子模擬了，我是土木行業的，很迷茫，不知道搞這個以後出路怎麼樣，這個算學科前沿嗎 何大大 這個個人覺得主要看題主具體做哪個方向了，是研究MD中分子力場的構建，還是分子建模研究材料效能，如果是前者則需要深厚的數學物理背景。至於...
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