atac seq和chip seq的區別?

時間 2021-05-31 10:27:09

1樓:冷不丁不冷

易基因科技技術支援

ChIP-Seq是明確知道感興趣的轉錄因子是什麼,根據感興趣的轉錄因子設計抗體去做ChIP實驗拉DNA,驗證感興趣的轉錄因子是否與DNA存在相互作用。但是ATAC-Seq是全基因組範圍內檢測染色質的開放程度,可以得到全基因組範圍內的蛋白質可能結合的位點資訊,一般用於不知道特定的轉錄因子,用此方法與其他方法結合篩查感興趣的特定調控因子;但是ATAC-Seq、ChIP-Seq整體的分析思路一致,找到富集區域,對富集區域進行功能分析。

ChIP-Seq是揭示特定轉錄因子或蛋白複合物的結合區域,實際是研究DNA和蛋白質的相互作用,利用抗體將蛋白質和DNA一起富集,並對富集到的DNA進行測序。

DNase-Seq、ATAC-Seq、FAIRE-Seq都是用來研究開放染色質區域。DNase-Seq是用的DNase I內切酶識別開放染色質區域,而ATAC-seq是用的Tn5轉座酶,隨後進行富集和擴增;FAIRE-Seq是先進行超聲裂解,然後用酚-氯仿富集。

MNase-Seq是用來鑑定核小體區域。

ATAC-seq的原理是:通過轉座酶Tn5容易結合在開放染色質的特性,然後對Tn5酶捕獲到的DNA序列進行測序。

2樓:鑫波和他的小魚幹

ATAC-seq(Assay for Transposase – Accessible Chromatin with highthroughput sequencing),通過Tn5轉座酶將測序接頭插入染色質的開放區域,然後通過測序資料來推斷染色質區域的可接觸性,並計算轉錄因子結合位點和核小體的區域位置。

ATAC-seq 實驗原理

ATAC-seq 分析流程 (from Novogene)

與其他常用技術的比較:

ChIP-seq:直接檢測與轉錄因子結合的DNA序列,但一次測序只能提供乙個轉錄因子的資訊,檢出率相對較低。

DNase-seq:利用DNaseI優先切割核小體被取代的DNA序列,對切割的片段進行測序,來檢測特定轉錄因子的結合位點,但該技術對細胞起始量的要求較高,一般細胞數量要達到106-107,樣品準備相對困難

MNase-seq:該技術剛好和DNase-seq技術互補,主要利用限制性外切酶進行片段化處理,直到獲得被核小體包裹或者被轉錄因子繫結的區域為止。目前MNase消化法常和二代測序結合分析,通過定性和定量的方式來識別基因組範圍內的平均核小體佔據率以及定位。

FAIRE-seq:借助有機溶劑甲醛對DNA進行固定,之後通過酚氯仿抽提獲取裸露的DNA,實驗周期長,細胞數量相對較多

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