1樓：
要回答這個問題，首先要明白，衛所到底是什麼。
衛所並不是單純的軍事組織，它同時還是乙個具備一定行政職能的單元，性質類似建設兵團。談管轄權，要把衛所的軍事職能和行政職權分開。
明代陸上邊疆地帶不設州縣的地區，衛所幾乎等同於州縣，具備法理上管理民戶的權力，也就是實土衛所。南直隸，則基本都是非實土衛所，行政職能基本侷限於軍田範圍，只有上海地區的金山衛比較特殊，管理著大量非軍田，幾近於實土衛所，屬於準實土衛所。
分清楚了衛所職權，也並不能簡單回答南直隸衛所到底歸誰管轄，因為有明一代，武官的權力是不斷被打壓的，不同時期衛所不同職權到底歸誰管都是不同的。
南直隸屬於朱棣以後才有的，南直所有衛所軍事職能管轄權，一開始屬於兩京兵部和中軍都督府，中層一開始只有管著鳳陽諸衛的中都留守司和管轄漕軍和可以調動江北諸衛旗軍的漕運總督，南京周邊諸衛是沒有都司層級的上級單位的。
另外，題主朋友說的漕運總督管理江北各衛是錯誤的，一開始漕軍有江北諸衛參與，不過後來發現影響耕作和輪操，就只由江南部分衛所負責漕運，南直江南諸衛旗軍也從那後不再負責屯田和軍事職能，全職負責漕運，江北諸衛還是保留了軍事職能。
至於南直隸衛所的行政職能，同其他地區一樣，文官系統起初只是負責監督，沒有實際的直接管轄權。
隨著衛所制逐步崩壞，衛所中主要負責軍事職能的旗軍戰鬥力日漸萎縮，主要從衛所軍戶中募兵的募兵制營兵開始成為明代精銳部隊的核心力量，衛所軍事職能開始轉向。
隨著時間推移，武官系統的權力也在不斷被侵奪，一開始是部分總督利用權力侵奪武官職權，在土木之變後，守衛北京的於謙提出了巡撫領軍的政策，武官軍事職權又被巡撫侵奪了很大一塊，巡撫也開始插手基層衛所的行政職權。
當然，此時應天巡撫還沒有獲得領兵的權力，直到嘉靖朝倭亂開始，應天巡撫長長的官名也加上提督軍務頭銜，南直隸中歸屬應天巡撫管轄的地區衛所上面又多了個婆婆。
同時，在文官壓倒武官的大背景下，明代不斷設立的中層文官兵備、分守和分巡等道員也在不斷侵奪武官權力，到了嘉靖朝基本完成中層文官事實上對衛所系統的掌控，衛所系統上面正式多了參政、參議和各類道員和苑馬監等中層文官這類婆婆，不止衛所的行政權力被這些文官掌控，中層營兵和衛所武官的軍事職權也開始被這些文官侵奪。
所以，南直隸衛所，在明代後期，主要權力是分屬應天巡撫和漕運總督，然後還有兩京兵部，中軍都督府就是個打醬油的。
2樓：聽雪樓
你說的是衛所，那當然是歸都司—五軍都督府體系。
請看下面大神寧南左侯的圖：
下面這張是南直隸的衛所分布圖：
至於說兵部，主要是調兵。
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