1樓：藍莓子小姐
就如某些知友所說，Y染色體是通過男性遺傳，而線粒體DNA是通過女性遺傳。
通過分析現代人的Y染色體與線粒體DNA，我們可以追溯至兩個「最晚近共同祖先」的人：作為「最晚近共同男性祖先」的「Y染色體阿當」（Y-Chromosomal Adam）與作為「最晚近共同女性祖先」的「線粒體DNA夏娃」（ Mitochondial Eve）。之所以要用「最晚近」來加以限定，是因為遠古時可能有其他的Y染色體與線粒體DNA組合，只是它們未能遺傳到現代。
無論是任何的DNA，隨著遺傳都會發生突變。雖然突變位置可以很隨機，但是現代的分子生物學分析顯示，人類的線粒體DNA突變明顯較快，而加州大學的已故教授艾倫.威爾遜（Allen Wilson），就曾經研究現存五大洲共134人的線粒體DNA排列，發現蒙古種人（包括中中國人）與高加索種人（主要為歐美人士）的線粒體DNA差別較少，而內格羅種（非裔人士）差別則較多，因此推斷「現代智人」的祖先，或是說「線粒體DNA夏娃」，起源於約十八萬年前的非洲。
至於Y染色體阿當，由於Y染色體有多達兩千萬個字母（遠多於線粒體DNA的一萬六千個），而且突變率慢得多，因而研究相對較慢，而目前的研究顯示，可以追溯到的「Y染色體阿當」，生於約六萬年前，當時人類也正從非洲遷移至世界各地。
這裡推薦大家看一本書：牛津大學的布萊恩.賽克斯教授（Bryan Skyes）著作的《夏娃的七個女兒》（The Seven Daughters of Eve），當中有提及他的團隊是如何通過線粒體DNA，尋找「冰人」（乙個生於五千三百年前義大利的人，在2023年被發現）的後代，並進一步推而廣之，尋找現代人類的「最晚近共同祖先」。
2樓：
乙個用於追溯男性遷徙及遺傳變化，乙個用於追溯女性遷徙及遺傳變化
同時也要考慮是否可以從生物樣品中分離到線粒體或者是否可以檢測到Y染色體上的基因，如果無法獲得足夠濃度的線粒體或者無法測序到Y染色體上的reads，那麼也就談不上用Y染色體DNA或者線粒體DNA分析了
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