1樓：tmjdone
1. perl很多有軟體和庫，呼叫方便
2. 你可以用其他的，python，c++等
3. 我在用了python和c++後覺得他們寫多重hash（perl，c裡是map）時，perl寫起來比較方便。
2樓：Tang Boyun
歷史遺留問題，早期生物界，每建乙個資料庫，就折騰出乙個新格式(格式設計者又沒有任何正規的資料庫背景，考慮不到以後的更新與可擴充套件性)，導致的後果就是，當年做生信的主要工作，就是在一大堆文字格式之間倒騰資料格式的轉換 ，這時候perl的優勢顯示出來了 (這種情況下用正則其實也是野路子一時爽，好點的做法是認真寫乙個parser)。當然，現在還有不少用perl的，sanger研究所據說也還在招perl程式設計師的，這就和現在許多金融機構還在招COBOL程式設計師是一樣的。
新入行的，沒必要綁死在perl上，要選指令碼語言的話，也是python更好些。但其實你真懂了一門語言以後，語言就不是障礙了。比如樓上 @popucui 提到的KEGG，其實KEGG提供了完善了SOAP以及RESTFUL API，會寫簡單爬蟲的話，隨隨便便就爬下來了。。。。（逃
3樓：Xi Yang
不一定用Perl。你用Python也可以。
問題應當是「為什麼要用乙個指令碼語言」？
可以用來：解析、處理結果，組織分析流程。
4樓：popucui
首先明確一點， 基因測序是測序儀完成的， 測序儀做的，就是從你的樣品裡把乙個個AGCT讀出來，並且為每個鹼基標記乙個可信值， 就是這個鹼基有可能被讀錯的可能性多大。 然後假設你想問的是， 在接下來的資料分析中，為什麼要用到perl。
perl在2023年出生的， 這時候還沒有python。有的時候，我們是沒得選的， 因為前人就是用的perl， 我們要想用別人寫的工具，只能也用perl。比如對大量基因進行KEGG注釋用的工具KAAS KEGG Automatic Annotation Server 就是perl寫的， 如果我想部署到本地， 只好學用perl
基因組測序為什麼沒完沒了？
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