1樓：丙隊長
你的問題沒有描述，但是用cds而不是基因組序列，感覺你問的是「做qPCR驗證表達量的時候『為什麼引物設計用的是CDS序列而不是基因組序列？』」。
如果我的猜測是對的，那麼問題的答案是，看表達的時候，是用mRNA來檢測的。而成熟的mRNA裡被認為是沒有內含子的。這時候如果想設計出擴增產物長度合適的引物，就必須用實際的模板序列，也就是mRNA的序列。
2樓：水痕
先問是不是，再問為什麼。
實際情況不是一定要用CDS設計的，不過確實這樣最為常見？。
其實用CDS作為引物設計的位點優勢在於其受到選擇壓力較大，因而序列較為穩定，因而引物比較容易能擴出來。
那個說搞內含子沒用的答案顯然是錯誤，因為用CDS作為引物設計位點可以且會擴出內含子，只要引物之間跨越了內含子。
3樓：榴蓮生煎
看情況，就想表達個蛋白做體外實驗用CDS比較合適（目前認為，發揮功能的蛋白多數為剪接後的形式）
但也有一些實驗，比如在植物裡異源表達後看植物表型的時候更多用的是基因組序列
4樓：正在改名字
不一定啊。如果只是驗證基因的有無，或者做螢光定量，用cds區序列設計引物是對的。可如果是轉殖全長，那最好還是在mRNA的UTR區設計引物，因為這樣可以把內含子包括cds全給了轉殖出來。
用一對引物分別轉殖DNA和RNA，就可以知道該基因的完整序列了。
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