為什麼定量PCR的引物不可以使用RNA

時間 2021-06-06 12:55:36

1樓:PassionForLife

PCR當然可以用RNA作為引物,事實上,我們自己的DNA複製很大程度上都是依靠RNA作為引物來實現的。回到你的問題,如果你的目的是為了定量,假設你的設想是完全正確,你的RNA引物切除酶每個擴增迴圈也只切你的RNA引物一次的話,這個也不能使定量更精確,你還是需要標準曲線來確定開始底物的絕對濃度。

更何況:

RNA作為引物PCR的效率會降低,因為現在沒有能像Q5,phusion一樣高效高保真的聚合酶能識別RNA引物的

加入了RNA引物切除酶,酶的kinetic activity會讓擴增定量多乙個不確定性,你如何確保這個酶在整個擴增區間是以相同速率切除RNA的(隨著RNA濃度的降低,切除效率肯定不會是一致的),更何況找到耐熱的RNA切除酶也是一項挑戰

有更多更高效方便的,用DNA為引物的方法能相對或者絕對的為底物進行精確定量(qPCR/dPCR)

2樓:荊軻刺秦舞陽

如果taq酶活性允許以rna為引物以DNA為模板合成DNA的話(這一點我不是很肯定,假設是可以的,不然這個問題的前提就不存在了)。那麼你設計的2n-2可能面臨幾個問題。1.

成本,合成rna比合成DNA貴很多。2.切除是用什麼酶?

怎麼保證游離的引物不會被切掉。3.忽略第二點的情況下,按照你的設想,擴增只存在於採用原始的模板以及第一輪擴增產物作為模板的情況。

第二輪的產物就不能作為模板了,擴增基本上是線性而不是指數,這裡面就遇到乙個問題,這樣做的結果初衷如果是保證準確,其他方式的線性擴增也可以。但是線性擴增存在乙個擴增倍數不夠,造成螢光訊號可能不足以被檢測到的問題……

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