如何檢測 DNA 甲基化?

時間 2021-05-30 21:36:56

1樓:李艾公尺

不知樓主所指的是醫學層面檢測DNA甲基化,還是科研層面。

甲基化屬於表觀遺傳學的範疇,近幾年也是被越來越關注。

目前使用的方法,樓上已經講的比較具體,我主要做MSP,BSP和WGBS。如果還有什麼具體的問題,很樂意從我的角度為您解釋。

2樓:liuanna

1、甲基化特異性的PCR(Methylation-specific PCR,MSP)

用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA,所有未發生甲基化的胞嘧啶被轉化為尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶不變;隨後設計針對甲基化和非甲基化序列的引物進行PCR。通過電泳檢測MSP擴增產物,如果用針對處理後甲基化DNA鏈的引物能得到擴增片段,則說明該位點存在甲基化;反之,說明被檢測的位點不存在甲基化。

2、亞硫酸氫鹽測序法(Bisulfite sequencing PCR,BSP)

用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA,則未發生甲基化的胞嘧啶被轉化為尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶不變。隨後設計BSP引物進行PCR,在擴增過程中尿嘧啶全部轉化為胸腺嘧啶,最後對PCR產物進行測序就可以判斷CpG位點是否發生甲基化稱為BSP-直接測序方法。將PCR產物轉殖至載體後進行測序,可以提高測序成功率,這種方法稱為BSP-轉殖測序法。

3、甲基化敏感擴增多型性

(Methylation-Sensitive Amplified Polymorphism,MSAP)

MSAP是利用對DNA甲基化敏感的兩種同裂酶Hpa II和Msp I來對基因組DNA進行酶切和連線。由於兩種酶能夠識別相同的限制性酶切位點,即CCGG位點。當DNA序列中的CCGG位點出現不同程度的甲基化狀態時,會分別被這兩種酶識別,以有無產物的方式體現出來。

4、焦磷酸測序(Pyrosequencing)

通過準確定量單個連續的CpG 位點上的甲基化頻率,焦磷酸測序能檢測並定量甲基化水平上的細微改變。在序列延伸過程中,根據C和T的摻入量來定量確定單個位點的C-T比例。因此,不同位點的甲基化變異就能被準確檢測。

由於焦磷酸測序提供了真實的序列資料,甲基化狀態也就以序列形式呈現。

5、高通量測序

3樓:「已登出」

對於單個基因的某個區域,可以使用甲基化DNA PCR (Methylation specific PCR, MSP) 或者Bisulphite sequencing/Pyrosequencing; 對於基因組水平的DNA甲基化檢測,可以使用DNA 甲基化晶元(Illumina Infinium 450K DNA methylation array)或者甲基化DNA測序(RRBS or WGBS)。

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