1樓：SkybillySky
前面的回答已經挺詳細了。總的來說，很多因素會影響基因測序，儀器只是其中乙個環節，更關鍵的變數是樣品本身。
乙個標準的測序流程，大概是提取基因，純化，測序。假設操作符合規範，通常來說每一次測序得到的序列都是一樣的，但也有例外。最常見的就是基因存在特殊序列。
比如連續的T，就容易導致測序問題。又比如髮夾結構。
軟體分析可能會是乙個因素，但開啟峰圖一看就能發現問題了，現在還有很多軟體能給你定位可疑序列的位置。別收到測序結果直接就拿序列用就好。
2樓：葉茂森
1、你問題裡說的都是會影響測序結果的因素。
2、二代測序儀中（Illunima為例），同乙個測序儀在不同泳道的測序結果都有些許的差異，在分析中最好都當作協變數矯正。但是理論上來說，貢獻的方差不會太大，所以基本可以忽略，同理可以用來解釋相同型號測序儀在不同測序公司的資料。
3、除了你說的幾個因素，我暫時能想到的還有DNA質量，建庫質量，你所選擇的參考基因組。分析軟體來說，從原始資料質量控制的方法和引數到你比對的方法和引數，都會多少影響你的比對結果。
4、從你提的問題來看，你應該是外行想對測序有所了解，或者剛剛上手的內行。如果是想做基因檢測，那麼我上面說的因素對你的結果並沒有太大影響，因為公司用的都是比較成熟穩定的測序方法和分析手段。如果你是搞學術的，下機資料只是開始，影響你文章質量的是你如何挖掘資料，如何講故事、如何把資料視覺化。
除非專門研究方法，上面的這些步驟你仿照一篇Nature protocol去做就沒問題了。
5、我是新手，請多指教。
化石裡的基因組是如何測序的？
丟個鏈結，知網中文綜述，科普下古DNA提取技術新進展http www.cnki.net kcms detail detail.aspx?dbcode CJFQ dbName CJFQTEMP FileName SWCX201426045 v MjczNTCeZ 2BRnFy3kVb KNjrIdrG...
如果進化是基因突變和自然選擇的結果，為什麼會出現大量統一性的結果？舉例見補充
子兔現出裡子帽 我覺得生物進化的理論要結合起來考慮，達爾文主義的自然選擇，新達爾文主義的基因突變，反達爾文主義的中性隨機基因突變以及拉瑪克的用盡廢退。當然這未免有點到那個山拜那個廟的意思。長頸鹿是用盡廢退的經典舉例。脖子用得越多就趨向於越長，長脖子的鹿就活得下來。至於為什麼不發展成長腿，我想對於鹿來...
自私的基因有哪些觀點是錯誤的？
Rebecca 1976年的著作，我看了兩遍之後沒發現什麼值得指摘的 錯誤觀點 倒是有很多值得更新的資訊。出版至今生物界的很多觀點都發生了變化，也有了新的研究發現。比如DNA的結構不僅僅是雙螺旋形式，現代科學探索出了更多的結構。這乙個新發現就和書中的 第三章 不朽的雙螺旋 觀點相悖。書中還有很多類似...