1樓：基因Share
你好，你有興趣可以先看一下我以前寫的這篇文章。關於illumina的Y型adapter我簡單說一下吧。
1.Y型接頭，如圖所示就是一種」部分互補，但又部分不互補「的雙鏈多核苷酸分子。這種結構的好處就是，我們只需要在接頭連線反應中新增這種雙鏈多核苷酸分子（Y接頭）就可以一次性在「待測片段」兩端加上不同的通用序列了（對於單鏈而言）。
2.當然連線反應過後，會有很多連線反應的副產物，例如游離的接頭、游離的待測分子、只有單端連線上接頭的待測分子和接頭互連產物，當然我們目標產物需要的是待測分子兩端都連線上接頭那部分。對於這些副產物，我們也不用太擔心，他們的存在主要是影響3方面的內容，
第一，影響文庫的定量，如果我們使用Qubit這類的螢光計來定量文庫，那麼它是會把那些副產物也算上的，導致定量得到的文庫濃度虛高。所以最好用QPCR來做定量。
第二，副產物（只有單側連線接頭的）雖然在後續的Cluster Generation的過程中無法進行橋式PCR進而生成有效簇，但是這確實對Flowcell表面的oligo是一種損耗。
第三，游離的接頭會加劇index hopping現象，至於什麼是index hopping，不展開講了。
3.以你問題中貼的這張圖為例，在原始的dsDNA兩端連線上adapter之後，連線產物確實就像圖中第二部分示意那樣的結構。
3.1如果採用PCR-free建庫的方式，那麼文庫構建到這裡（接頭連線產物），就基本結束了。然後對文庫進行片段篩選、定量、多樣本混合（pooling/可選步驟）再上機測序就可以了。
針對於PCR-free文庫來看，（均遵循5』端到3『端的規律）
圖中我們看到正義鏈從左向右，是5『端 P5——read1 測序引物序列——插入片段——index（i7）測序引物序列——index1（i7）——P7 3』端。
圖中我們看到反義鏈從右向左，與上述內容（正義鏈）一致。後續正義鏈和反義鏈在NaOH鹼溶液的作用下變性為2條單鏈後，如果都可以在Flowcell上形成Cluster並最終形成有效的read。那麼你的疑問是怎麼區分這2條read那條是正義鏈、哪條是反義鏈，對吧？
其實這個區分不是在建庫端進行的，而是在資料分析端。例如RNA測序中的鏈特異性文庫的構建與分析。關於RNA鏈特異性文庫的構建可以看這篇文章。
但是在DNA測序層面區分這2條read，來條來自於正義鏈，哪條來自於反義鏈是沒有意義（也不能說完全沒有意義，在腫瘤突變檢測的時候，可以通過正負鏈資訊來過濾測序錯誤、PCR錯誤或者FFPE樣本一些特有的人工突變等），所以也不用區分。
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