1樓：Victor
真細菌的壁主要由含壁酸的肽聚醣構成
古細菌的細胞壁沒有胞壁酸和D-氨基酸，不存在肽聚醣
因此溶菌酶以及抑制肽聚醣前體合成的環絲氨酸、抑制肽聚醣合成的青黴素與萬古黴素等對古細菌沒有作用
真細菌的質膜和真核細胞相同，由脂質和蛋白質構成，脂質由帶有分支的C-H鏈末端以酯鍵與甘油結合
古細菌的質膜也是由脂質和蛋白質構成，但脂質末端是醚鍵和甘油結合；膜脂中還有7%-30%為非極性脂質——鯊烯衍生物
古菌細胞膜中存在獨特的單分子層膜或單、雙分子層混合膜，例如極端耐熱菌的質膜是由C40四乙醚組成的單層膜。
圖源：翟中和等《細胞生物學》第四版，第18頁
往往介於原核細胞和真核細胞之間
DNA和組蛋白結合成類似核小體結構
tRNA和rRNA，甚至部分編碼蛋白質的基因中有內含子
RNA聚合酶為複雜多聚體
翻譯起始的氨基酸為Met
tRNA的TψC 臂上無胸腺嘧啶等等
多數古細菌類的核醣體雖然也是70S，但其中的RNA與蛋白質性質更接近真核生物
真細菌和古細菌的5S rRNA相差很遠
針對細菌核醣體的抗生素不能抑制古菌核醣體的蛋白質合成
美國科學家Carl Woese從2023年起利用16S rRNA建立分子演化樹來衡量生物間的相互關係，2023年發布文章指出利用這種分類方法發現了新類群Archaebacteria（古細菌），2023年更名為Archaea（古生菌或古菌），其分類地位更加接近真核細胞。
2樓：李應山
自人們能從顯微鏡中觀測到細胞以來，一直到20世紀的中後期，人們一直將生物分為兩界-原核生物與真核生物。這種分類法一般是基於細胞的形態、代謝、以及一些生化性質特徵的。但是在2023年，分子進化學家Emile Zuckerlandl和Linus Pauling提出通過比較不同物種的基因序列來判斷它們之間的親緣關係。
這種方法也一直沿用到現在，是現代分子進化領域的基石。那個時候古細菌仍然被認為是和細菌是一類的。直到2023年Carl Woese用基於RNA的系統進化方法將古細菌和真細菌分開，認為古細菌和真細菌存在根本性的差別。
從那以後，人們不斷發現新的證據支援把古細菌單獨分出來。現在我們來看一下古細菌跟真細菌以及真核生物之間的異同之處。
1.基因組轉錄的酶（圖一）：DNA-dependent RNA polymerase (DdRP).
從分子層面，古細菌的DdRP和真核生物的DdRP更相近。因此，從基因組轉錄方面來說，古細菌和真核生物的親緣關係更近。
圖一：真細菌（Bacteria）、古細菌（Archaea）和真核生物（Eukaryote）中控制轉錄的DNA-dependent RNA polymerase (DdRP)的結構. Jun et al.
, 2012 Critical reviews in biochemistry and molecular biology.
2. 蛋白質翻譯（圖二）：古細菌和真核生物合成蛋白質的時候，起始氨基酸都是用的甲硫氨酸（methionine），而細菌則用的是N-甲醯甲硫氨酸（N-Formylmethionine)——在甲硫氨酸的氮端加了乙個甲酸基團。
這顯示出在蛋白質合成層面，古細菌和真核生物的親緣關係更近一些。另外，從控制蛋白質翻譯的延伸階段的酶的角度上說，古細菌和真核生物的親緣關係也更近一些，比如古細菌和真核生物的EF-2和EF-G對白喉毒素敏感，而細菌的相關酶對白喉毒素卻是不敏感的。
圖二：Methionine和N-Formylmethionine的化學結構。
3. 組成細胞膜的磷脂（圖三）：真細菌和真核生物的細胞膜一般是脂鍵相連的磷脂（Ester-linked phospholipid）組成的，而古細菌的細胞膜成分一般是乙醚相連的磷脂（Ether-linked phospholipid）。
圖三：Dean and Lodhi 2018, Protein & Cell.
綜上，在生命活動最重要的一些過程中（比如基因組的轉錄和翻譯），古細菌和真核生物在很多方面更接近，因此現在生物學界幾乎一致認同把古細菌單獨拿出來組成三界系統。
Dean, J. M., & Lodhi, I.
J. (2018). Structural and functional roles of ether lipids.
Protein & Cell,9(2), 196-206.
Jun, S. H., Reichlen, M.
J., Tajiri, M., & Murakami, K.
S. (2011). Archaeal RNA polymerase and transcription regulation.
Critical reviews in biochemistry and molecular biology,46(1), 27-40.
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