1樓：Seirios
實質的確應該是音長不同（顧名思義，「長短母音」嘛……）。但「如果……那麼……」的邏輯其實並不成立。因為沒有理由假設這些語言都是儲存/保持了PIE的母音體系的。
至於具體的……
拉丁語：
長短音目前看來是a/ā音質基本相同，其餘是e , ē [e]、o , ō [o]、u , ū [u]、i , ī [i]。
母音音質的判據來自晚期和通俗拉丁語的發展。一是涉及短u/i的u/o i/e的混淆，二是最終母音長度丟失之後形成的是a/ā→/a/，e→//，o→//，ē/i→/e/，ō/u→/o/，ī→/i/，ū→/u/的格局，這樣的構擬最合理。
雙母音主要是ae au eu oe，其中ae=/ai/，oe=/oi/，這麼標的原因有人倒是認為可能當時拉丁語雙母音的-i真的比較開接近-e，不過這個無所謂了。
古希臘語的話，
短母音五個a /a/, i /i/, u /y/*, e /e/, o /o/，
長母音七個ā /a/, ī /i/, ū /yei /e/, ou /u/*。
其中，u/ū是在雅典方言裡由/u/ /u/變成相當於拼音yu（及其長音）的音，ou隨即或同時由/o/→/u/，於是ō怎麼標也無所謂了。
雙母音ai au eu oi; āi ēi ōi; ēu (ōu) (āu)，其中ōu在雅典方言裡不存在，āu我不知道到底存不存在查了的文獻語焉不清。主要的是前七個，這其中後三個比較少見。ei和ou各有一部分來自/ei/ /ou/，不過古典時代這兩個雙母音已經不存在、合併了的樣子。
梵語並沒有學過_(:з」∠)_。據我所知只有a/ā i/ī u/ū，其中a比較接近，別的就不清楚囉。
梵語有ai→/e/、au→/o/。剩下的雙母音就是āi āu。對了梵語還有長短r、l，它的r和l可以當母音用。
梵語裡原來的長短a/e/o全坍成一對a/ā了。
PIE的構擬裡確定有的只有長短e/o這四個。長短a、長i/u都認為是後起的（不過有人認為a不是），短i/u只是j/w的母音變體，此外還有*m, *n, *l, *r，以及三個喉音h, *h, *h（後來都消失了）都可以作母音一樣的音節主音。
簡單說就是……後代語言有什麼樣的語音格局並不一定能倒推祖語的噠( ▽ ` )
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