1樓：紫拉
到家。翻了翻系寶發現是大工程。
簡單針對題主提問回答。
不明白的我可以追加補充
第一，鑽石，即便理論上完全純淨。Ⅰ型鑽石中也全部含有氮。還沒說別的雜質。
所以鑽石很多不是單質。
第二，ⅠaAB型鑽石和ⅠaB型鑽石中，結晶具有原子層面空穴。結合第一條。
鑽石之中不是碳原子全部與別的碳原子形成共價鍵。
黃色鑽石多為Ⅰ型。Ⅰ型鑽石佔所有鑽石的95%以上。
Ⅰa型鑽石由於晶格畸變造成N2或者N3空穴。形成色心。導致藍區或者藍紫區光譜吸收（415nm,423nm等）。導致鑽石發黃。
Ⅰb型中氮原子比碳原子多乙個電子，導致形成乙個雜質能級。進而引起藍紫光吸收，鑽石發黃。
藍色鑽石中含有硼，或者含有氫。是藍色或者藍灰色的呈色原因。
粉色，褐色多為物理原因，鑽石塑性變形導致晶體結構缺陷，引發呈粉色和褐色。
綠色和藍綠色東廠由於輻照。碳原子輻射打入間隙位置，呈綠色。當然輻射如果更嚴重，也可能導致深綠，黑色，黃色，藍色，褐色等。自然形成的輻照到這些顏色幾乎沒有。
黑色，最簡單了。它太髒了……
2樓：
我不是無機化學科班，也沒有什麼晶體學基礎，但是拋磚引玉來答一下。
有些天然鑽石不是無色透明的原因是「晶體缺陷」（crystallographic defects）。主要有兩個型別：1.
摻雜；2.晶格缺陷。並不是每個天然鑽石在化學結構上就都是「完美」的，這些化學上的「不完美」反而有可能歪打正著使整個鑽石擁有漂亮的色彩。
如果僅僅想知道原因，到這裡就夠了。題主也是誤認為天然鑽石是完美的金剛石結構，才產生了這樣的疑問。
如果要講清楚，比如為什麼摻雜或者結構缺陷會產生顏色，對於乙個完全沒有無機化學基礎的人來說那就真要從頭說起了。至少也要從能帶理論說起，所以感覺沒啥必要，因為書上會有寫，有興趣去翻翻無機化學的書，或者有一本藍皮的《結構和物性：化學原理的應用》這本書，相對淺一點，似乎也有這方面的內容。
不過倒是有一些基礎參考，比如wiki：
Diamond color
Material properties of diamond
Crystallographic defects in diamond
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