機器學習在腫瘤基因組研究的應用?

時間 2021-06-08 19:32:12

1樓:簡佐義

了解機器學習不多,只說我接觸過的:腫瘤大panel單樣本的體細胞變異檢測。

我們知道,大panel一般都是配對樣本,即腫瘤樣本與正常樣本配對,腫瘤樣本通常是患者的血漿或腫瘤組織(手術組織、胸水沉渣等),正常樣本通常用患者的白細胞。

但有時候卻只有腫瘤組織,沒有配對樣本,比如患者已死,只留下了組織,無法再取到其血液中的白細胞了。

這種情況要檢測樣本中的體細胞變異難度就非常大了,因為變異列表中既有體細胞變異,又有胚系變異,如何去除胚系變異?除了過正常人的胚系突變資料庫,或者根據突變豐度,以及一些體細胞變異資料庫等進行綜合判斷,沒有什麼好的方法。

這時候機器學習就可以上場發揮其優勢了,國外已經有公司將其包裝成了產品,無需對照就可以檢大panel的體細胞變異,這樣既克服了對照樣本有時候難以取得的缺點,還節約了檢測成本,一舉兩得。

目前這是乙個非常有前景的方向,值得深入研究。

PS:小panel一般都是單樣本的,因為就那麼幾個突變位點,乙個乙個看也判斷完了,大panel單樣本需要上機器學習,是因為突變太多了,無法乙個乙個排除。

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