三維基因組學研究的是什麼?什麼是 Hi C 技術?為什麼 Hi C 技術這麼火?

時間 2021-05-06 18:45:35

1樓:冷不丁不冷

易基因科技技術支援

基因組三維空間結構與功能的研究簡稱三維基因組學(Three-Dimensional Genomics, 3D Genomics)。2023年Job Dekker及其合作者提出了染色質構象捕獲技術(Chromatin Conformation Capture, 3C),用於測定特定的點到點之間的染色質互動作用。隨後,科學家們擴充套件了3C技術,開發了4C技術(Circularized Chromatin Conformation Capture),用於測定一點到多點之間的染色質互動作用。

Dostie等人接著開發了5C技術(Carbon-Copy Chromatin Conformation Capture),用於測定多點到多點之間的染色質互動作用。

為了能捕獲全基因組範圍的染色質相互作用,Job Dekker研究組又開發出了現在大家所熟知的Hi-C技術。其是基於將線性距離遠、空間結構近的 DNA 片段進行交聯,並將交聯的 DNA 片段富集,接著進行高通量測序,對測序資料分析可以揭示染色質的遠端相互作用,從而推導出基因組的三維空間結構和可能的基因之間的調控關係。

2樓:godfinger

Hi-C技術的概念幾位大咖已經說了,我叨叨兩句為啥火。我始終認為,基因的結構必然會影響功能,同樣的組成元素,不同的組成方式,其結果必然有不同,所以三維基因組學是乙個很重要的研究方向,所以Hi-C技術火起來是必然,因為有這個需求。

3樓:晶瑩

應該是三維基因組學火了,所以研究三維基因組學的技術Hi-C火了。結構基因組測了很多物種的基因組序列資訊,進一步的研究則要對基因組進行精細結構注釋,闡釋基因組功能的多樣性和複雜性。很多基因在染色質超螺旋、摺疊形成染色體後,在空間上的距離就非常近了,這些基因彼此之間的調控作用是怎樣的,是乙個非常有吸引力的研究方向。

Hi-C技術正是研究染色體三維結構的利器,三維基因組學目前依然成為了基因組學的乙個重要的發展方向,因此Hi-C技術火起來也是情理之中的事情。開創性的研究才能發高分文章哦~

4樓:中二bee

首先來看一下Hi-C是什麼?

Hi-C技術源於染色體構象捕獲 (Chromosome conformation capture, 3C)技術,以整個細胞核為研究物件,利用高通量測序技術,結合生物資訊分析方法,研究全基因組範圍內整個染色質DNA在空間位置上的關係,通過對染色質內全部DNA相互作用模式進行捕獲,獲得高解析度的染色質三維結構資訊。2023年,Job Dekker研究團隊首次提出了Hi-C測序的概念,並利用該技術得到人類正常淋巴細胞基因組的三維結構圖。

Hi-C有很多用武之地, Hi-C測序資料可通過建立基因組摺疊模型,研究染色體片段之間的相互作用;可以應用於基因組組裝、單體型構建等,並可以與RNA-Seq、ChIP-Seq等資料進行聯合分析,從基因調控網路和表觀遺傳網路來闡述生物體性狀形成的相關機制。

「Hi-C的地盤,它做主」,上圖說話。

1研究染色體區域互作

人染色體之間相互作用熱圖

擬南芥染色體相互作用熱圖

2建立基因組三維摺疊模型

酵母染色體3D模型

3基因組組裝

Hi-C組裝基因組原理

Hi-C組裝巨集基因組原理

4解析調控元件與基因的作用模式

Hi-C分析隨機單等位基因表達在染色質之間的相互作用關係

Hi-C分析畸形的分子調控機制

5染色體相互作用差異比較分析

染色體相互作用差異比較分析

6)詮釋轉錄因子與染色質相互作用的關係

Hi-C與ChIP-seq聯合分析

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