1樓：HIFFF
樓上給出了很相近的最新的分析研究。我表示很讚。
對於題主說出的問題，我想作幾點補充：
1、複製叉的確會停下，原因常見於DNA損傷。除此之外不排除有其他的原因導致複製出現停滯。
2、自然狀態下，真核細胞的DNA複製的所有複製起始位點（origin）不會全部在S期啟動複製叉，有一部分會在早期啟動，有一部分會在晚期啟動，而有一部分不會啟動。
3、造成現象2的原因是，如果同時啟動，那麼如果遇到複製叉停滯，沒有其他位置可以啟動複製來代替這乙個已經停止的複製工作，細胞就會無法複製完全。所以，應當先保留一部分複製起始位點不啟動，如果有已經啟動的複製叉遇到損傷停滯，損傷修復後，就可以由相鄰的複製起始位點啟動複製完成剩下的工作。這是很聰明的機制。
4、對於相當一部分複製起始位點，他們在一開始被保留，而早期啟動的複製叉並未遇到停滯，於是就會路過相鄰保留下來的複製起始位點，完成複製。這一部分保留的起始位點就沒有被啟動。
2樓：「已登出」
2023年初的一篇文章，展示了高解析度的T7噬菌體的複製叉[1]：
T7噬菌體的複製叉
構成了乙個「T」型結構，總得來說和教科書上的那個「Y」型結構的版本外觀上差別沒有特別大。
教科書版本想象的複製叉
2023年，實時拍到了大腸桿菌複製叉的複製過程[2]。
注意看速度變化與暫停
教科書上給了乙個猜測，就是DNA複製過程中，正向的（前導鏈）等反向的（滯後鏈），需要一套協調的機制，以避免在新生鏈中形成明顯的缺口（單鏈DNA易受到攻擊、易突變）。
結果拍出來一看，前導鏈上聚合酶一騎絕塵，根本不等滯後鏈的。前導鏈上聚合酶走走停停，單盒滯後鏈上聚合酶沒什麼配合，文章顯示，前導鏈與滯後鏈具有相同的合成速率，這導致滯後鏈的沿伸速率大大低於前導鏈，結果就是複製中出現了大段單鏈DNA區域。
至於怎麼保證兩條鏈協調，人們還不是特別清楚。
至於這傢伙怎麼停的，怎麼重新啟動，我找找有沒有說沒合適拿來用的文獻。。。
那麼在這篇文章中，作者認為前導鏈什麼時候會暫停呢？隨機。可氣吧？
此外，如果遇到DNA損傷，複製叉也會暫停等待修復。
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