計算化學中的metadynamics中的collective varible如何選取?

時間 2021-05-30 00:01:35

1樓:

找這東西已經過時了(危言聳聽一下子,被嚇跑我不負責)。現在用弦方法(string method)暴力算即可。

弦方法是中中國人的驕傲,應用數學家鄂維南

於2023年左右開發的非常抽象的方法,在近年來漸漸被一些基礎好的人應用到生物模擬中,著名人物有Benoit Roux、Eric Vanden-Eijnden等人。後者是柯朗數學研究所的教授。開始Eric自己寫程式做MD,後來招到Mark Tuckerman的博士生做博后之後,學會了應用Desmond做MD。

Eric Vanden-Eijnden

早在2023年,諾貝爾獎得主(2013)Martin Karplus就使用弦方法,放了500個collective variable進去算。這麼多變數總會涵蓋「真實的」反應座標的。

2023年他老人家又出了一篇應用弦方法的文章:

Investigations of α-helixβ-sheet transition pathways in a miniprotein using the finite-temperature string method

CS與計算化學?

綾波麗 光電專業,畢設是用vasp做的石墨烯吸附鹼金屬。因為導師博士是材物專業,但是原理和計算化學一樣都是第一性計算原理。為了理解第一性計算原理,你需要看 半導體物理與器件 量子力學 前置 復變函式 數學物理方法 高等數學 可能需要 電磁場與電磁波 化學基礎,不了解不評價。4年後不管成不成功都希望告...

目前計算化學的前景怎樣

清微 介紹幾個我接觸過的課題組 1 南京大學黎書華 Prof.Shuhua Li s group2 南京大學謝代前 研究領域 分子勢能面與振動轉動高激發態 光解動力學以及分子碰撞的理論和計算。Prof.Daiqian Xie s Homepage3 四川大學王繁 研究領域 耦合簇理論,含時密度泛函理...

化學考的是智商還是計算?

風中騷豬 不知道題主是什麼階段的?大學以前的化學跟智商無關只要你願意學有正常的邏輯順序,大多數題都做得出來,大學以後的化學就不單純是化學一門學科,而是很多交叉學科,必定涉及高數中的微積分,線代,物理學計算等等。舉乙個簡單的例子 四大化學中的物理化學這門課,就是以數學和物理學為基礎,來解釋一些化學方面...