1樓：Wong Jodie
稍微有一點點不一樣。放例句裡來看看吧：
①彼の人柄を疑問に思う。（我對他的人品感到懷疑。）
②彼の人柄が疑問だと思う。（我覺得他的人品是個疑問。）
第一句是指說話的人在想「他的人品」這個東西的時候帶有懷疑的態度。這裡的「疑問に」是乙個副詞，修飾「思う」這個動作。
而第二句，則是說話人持有「他的人品是乙個疑問」這個觀點。「彼の人柄が疑問だ」整個是乙個主語從句。
關於意義上的不同，我看到乙個英文帖子解釋得很明白，這裡引用一下：
The two structures are very similar in meaning, however:
With (が)だと思う you're stating that you think/feel (something) is a certain way.
With (を)に思う you're stating how you think/feel (about something).
So 疑問だと思う means "I think/feel (something) is a question".
But 疑問に思う means "I feel dubiously about (something)".
所以這兩個句子意思雖然相近，但是稍有區別，在一些語境下區別會更加明顯。比如說「…疑問だと思う」的這個從句更複雜一些的時候：
それは多くの科學者が抱いている疑問だと思う。（我認為，這是很多科學家都抱有的乙個疑問。）
這裡顯然就不能用「疑問に思う」來替代了，否則就變成你對科學家抱沒抱這件事情感到懷疑了，而且沒說清人家抱啥東西，句子不完整。
至於題主問的為啥用に，還要回到剛剛的例句①來說：
①彼の人柄を疑問に思う。（我對他的人品感到懷疑。）
首先你可以把它簡單地理解為這裡把「疑問」這個名稱加個に，就變成乙個副詞用來修飾動詞。
再進一步深入來看，日語裡面「…思う」經常用來在前面加形容詞連用形，表達說話人的態度和感覺。比如說：
彼女のことを羨ましく思う。（我對她感到很羨慕。 羨ましい 是イ形容詞，連用形是羨ましく）
あなたの決定を殘念に思う。（我對你的決定感到遺憾。 殘念な 是ナ形容詞，連用形是殘念に）
然而「疑問」是個名詞，它木有連用形，所以就只能給它安個助詞に，變成副詞，或者說修飾語。
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