1樓：九霄雲外
Each Anton ASIC contains two computational subsystems. Most of the calculation of electrostatic andvan der Waals forcesis performed by the high-throughput interaction subsystem (HTIS).[2]This subsystem contains 32 deeply pipelined modules running at 800 MHz arranged much like asystolic array.
The remaining calculations, including the bond forces and thefast Fourier transforms(used for long-range electrostatics), are performed by the flexible subsystem. This subsystem contains four general-purposeTensilicacores (each with cache and scratchpad memory) and eight specialized but programmableSIMDcores called geometry cores. The flexible subsystem runs at 400 MHz.
The performance of a 512-node Anton machine is over 17,000 nanoseconds of simulated time per day for a protein-water system consisting of 23,558 atoms.[5]In comparison, MD codes running on general-purpose parallel computers with hundreds or thousands of processor cores achieve simulation rates of up to a few hundred nanoseconds per day on the same chemical system. The first 512-node Anton machine became operational in October 2008.
[6]The multiplepetaFLOP,[7]distributed-computing projectFolding@homehas achieved similar aggregate ensemble simulation timescales, comparable to the total time of a single continuous simulation on Anton, specifically achieving the 1.5-millisecond range in January 2010.
2樓：龐子奇
前兩天並行原理課上正好提到了Anton，所以針對針對第三個問題回答一下。
Anton能夠達到如此好的效果，因為它就是為這類問題誕生的。
Anton主要針對的問題是計算化學、生物學的模擬，大概就是記錄當前每個分子的位置、運動狀態等，之後利用分子動力學計算這些分子之間相互影響的結果，模擬出結果。實際上，這是一類很特殊的平行計算問題——通訊密集型。在這類問題中，每個節點需要承擔的運算並不複雜，所以並不需要每個計算單元具有極其高強的計算能力，因此不是計算密集型任務；在這類問題中也不需要大規模資料的輸入輸出儲存，所以也不是訪存密集型任務，體現在Anton中就是它取消了其它平行計算硬體中十分常見的Cache，也就是不需要很大的儲存空間。
想對比而言，GPU、超算等更多的還是在為訪存密集型任務做優化。
在具體的搭建中，Anton為了提高通訊效率使用了很多很棒的設計。比如說：
a. 整個Anton的伺服器都被緊密地排放在乙個正方體的機箱中。這樣的好處在於：
節點之間依靠網路互聯，緊密排列使得網路的傳輸距離大大降低，可靠性和速度大大提公升(比如受到干擾重傳的時間大大降低)，所以速度有了很大的提公升。
b. 在連線方式上，採用了Torus連線方式。大概意思就是，正方體集群中的每個節點不僅僅和它周圍的8個節點相連，還與距離為 的節點相互連線，比如2、4、8……這樣，假設正方體機箱邊長是 ，任意兩個節點之間只需要經過 的通訊次數就可以相互通訊了。
因此，可以說，Anton就是為了這類通訊密集型任務設計的，無論是運算單元的ASIC還是架構都專門做了針對性優化。暫時來看，相同量級的超算可能也難以達到這樣的程度，更不用說普通CPU和GPU了。
最後說一句，我個人覺得，Anton拿來做宇宙學模擬(就是模擬星體的相互作用和運動)貌似也挺好的……
3樓：科學雜役
要把這個東西搞起來, 首先要有閒錢。然後得找一堆會搞硬體的人，再找一堆人會搞經驗力場的，把他們結合起來搞個十年二十年做出一些實實在在的東西才會有可能有前途，缺少任何一方面都難成事。現在看來人家D.
E. Shaw就是有實力和興趣搞這個。
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