1樓：
本小節所說的「奏摺」都只指外官呈遞的奏摺。京內奏摺情況較為特殊，請看下一小節。
奏摺由具奏人繕寫後，放入折匣，交給齎折人，或自備腳力、或馳驛帶來北京[1]。齎折人一般是具奏人的「家人」，即長隨、僕人等具有人身依附關係之人；也有很多具奏人（特別是將軍、總督、巡撫）以所轄標下親信軍官為齎折人。
齎折人來京後，徑赴宮門。朝廷派有引導官員在東華門值日，將齎折人領至景運門內九卿房，亦即外奏事處[2]，向值班官員（多為內務府官員，乾隆後期開始雜用部院司官）呈遞奏摺。接著，這些奏摺會交給內奏事處的太監，進呈御覽。
Google地圖上東華門和景運門的位置。行走路線不保證對。
若遇皇帝住圓明園，則在圓明園之出入賢良左門外朝房由外奏事處官員遞接。若遇巡幸，或赴行在投遞，或交與留京辦事處隨題本等一併傳遞。[3](p.132)
從奏摺文書這一物質實體的角度來看，皇帝閱看奏摺後，有三種處理方式：
留中，即收藏於奏事處或宮中某些地方；
直接在奏摺上寫下自己的批示，一般用朱筆來寫，字跡為紅色，稱為「朱批」，在居喪期間則以墨筆寫出，稱為「墨批」；
不直接寫下批示，而是針對奏摺中的內容單獨發布一條命令，也就是頒布「上諭」。
理論上講，皇帝可以獨立（不依靠高階官員，不徵求任何人意見）完成奏摺的處理，具體操作方法為：
皇帝親加「朱批」的奏摺，可以交給奏事處，由奏事處將奏摺返回給在北京等候的齎折人，然後由齎折人帶回給具奏人。
有些奏摺未加朱批，要用「上諭」回覆，則可皇帝口頭告知侍衛或太監，然後侍衛或太監再告知奏事處官員（偶爾也有其他官員），由奏事處官員對齎折人口頭傳諭。（此等情況似不多見。）
目前一般認為，雍正時期（1723-1735）奏摺都是皇帝獨立處理[4]。不過，可以肯定有相當部分的奏摺會在皇帝閱看後交給內廷幾名親信，如怡親王允祥（1686-1730）、大學士蔣廷錫（1669-1732）、張廷玉（1672-1755）等少數幾人閱覽，甚至還會徵求他們的建議等[5](p.146-157)。
此一時期的軍機處（軍需房）為戶部下屬機構，專為辦理西北對準噶爾戰爭之軍務，與內廷並非一致。
從乾隆帝即位（1735）後開始，情況有所變化。
對於內容較為簡單的奏摺（典型如請安折等），皇帝閱覽後，親加朱批「覽」等寥寥幾字，由奏事處發還齎折人。換言之，皇帝依然獨立處理這些奏摺。
而內容比較重要、且不涉及利害權力鬥爭的奏摺，皇帝閱覽後並不獨立完成處理過程，而是發交軍機處（乾隆初年則為總理事務處）協助處理。軍機大臣（乾隆初年為總理事務王大臣）每日接收發下之折，逐折閱看，並採取合適的措施：
有些朱批是明確的指令，例如朱批「該部議奏」者，則將奏摺通過內閣發交部院衙門。
有些如朱批「另有旨」、「有旨諭部」等，則要匯集起來，於每日皇帝召見軍機大臣時捧入，詢問皇帝處理意見（清人稱為「請旨」），記錄皇帝針對奏摺的「上諭」[3](p.144-145)。接著，軍機處再通過合適的方式（如通過內閣明發，或將諭旨繕寫為奏摺附件即「交片諭旨」交給有關部門，或使用保密性較好的「廷寄」方式寄出）告知當事人。
還有一些奏摺需要軍機大臣們作出必要的調查，將處理建議繕寫為奏片（這種奏片一般稱為「議覆片」），呈交皇帝，以便皇帝作出最終決定[5]（p.242-249, 315-327）。在實際工作中，最後皇帝頒發的上諭，有時就是由原折和奏片文字修改而來。
發下軍機處的奏摺，軍機處下屬方略館之吏員（稱為「供事」）會抄寫多件副本，並根據時間（即「月折包」由來）及特徵（牽涉事務、處理流程等）而分類，匯入對應的檔冊[6](p.131-172)。
可以看到，軍機處協助處理奏摺，大大減輕了皇帝的工作量，皇帝不再事事殫精竭慮、手不停批，而可以簡單地口述大致意思，而讓軍機處官員完成起草等餘下的工作。與此相應地，軍機處在乾隆以後事實上擁有了相當大的權力，一方面，他們可以利用將皇帝口諭整理為文字的職責來左右上諭的文字表述，從而影響朝廷政策的走向，另一方面，他們還可以利用議覆片或當面奏聞的機會，對君王提出自己的看法。
所謂內折，即在京部院寺監及八旗衙門所繕具的奏摺。
內折制度產生時間應該很早，雍正朝《起居注》之中已不乏有部院衙門以「一折」奏事、皇帝將奏摺交給內廷大學士的記載。雍正帝去世後，乾隆帝初即位，曾諭部院、八旗，有啟奏事件，先交總理事務處閱看，再赴奏事處，而各省督、撫、提、鎮、學政奏摺則照舊例，是此時內折、外折有別，應已為常識[7]。
大略而言，目前所見內折處理流程多為晚清時人的說法，尤為重要者為瞿鴻禨（1850-1918）之說：每日清晨，各部院衙門筆帖式持折在東華門外等候，外奏事處的內務府官員將他們領入景運門內九卿房，取走奏摺——換言之，和外折的區別在於每天只收取一次。外奏事處官員將這些奏摺交給內奏事處的奏事太監，由太監交給皇帝或皇太后（畢竟是晚清時期嘛）閱覽；閱覽畢，對奏事太監口傳諭旨，太監再口傳於軍機處，軍機處對照奏摺清單繕寫。
原折發還各衙門，由於多無朱批，不用回繳。[8]
檔案文獻中所述與上述流程基本吻合。
而實際情況則可能略有不同。劉文華檢視了軍機處的工作日誌《隨手登記檔》，認為大多數內折並未由軍機處發下，而是皇帝直接傳旨給太監，太監傳旨與奏事官，奏事官再傳於各衙門奏事人[8]。換句話說，上述流程之中軍機處的環節被跳過了。
然而，考慮到清季大多數事宜都要由軍機處參與，內折所奏多非機密（清代在京部院衙門基本沒有什麼保密意識可言），並無摒棄軍機處於內折處理流程之外的必要。內折多系例行奏報錢糧等事或就某事件提供行政建議（所謂「部議」或「部覆」）等，按照清代一般辦事習慣，它經常直接和軍機處辦理的「外折」是接續的，皇帝閱覽奏摺後會召見軍機大臣、發閱奏摺詢問意見，再對太監傳旨作為奏摺結論。因此儘管大多數內折並未直接發交軍機處，但軍機處依然參與了這一過程。
對這一流程的常見質疑是：太監只靠聽傳諭旨，如何能記得準？實際情況是，京內奏摺本身數量甚少（劉文華估計約佔全部奏摺的10%左右[8]），而且其諭旨往往極短，多為「知道了」、「依議」、「另有旨」等。
震鈞《天咫偶聞》的說法，太監及奏事官員是在奏摺封套表面用手指甲劃出記號，「橫知豎議」，此說未知是否確信，但總之應該不難記。
最後說一句，如前所述，內折大多並無朱批，原件帶回後不用繳回宮中，而是儲存於各部院衙門；清代部院衙門保管自己檔案的條件、能力和意願都遠遜於宮中和軍機處，因此，和儲存基本完整的宮中折件、軍機處檔案不同，部院內折原件絕大多數都毀於歷年蟲蛀、水浸或火災，庚子年京師大亂，亦損失無數檔案，儲存至今者非常之少，成為研究清史的一大難處。
3.1 康熙時期「密摺奏事」
康熙時期已經有皇帝親信用密折奏報外間雨水、糧價及諸般見聞，類似於後世之「外折」，有滿文也有漢文。
同時，朝廷已有一種稱為「折子」（似乎也可以寫成「折子」）的文書，部院在啟奏較為複雜的事務時將它作為備忘錄（一些人認為「折子」只是一種名單類文書，但事實上康熙朝《起居注》中描述的很多「折子」絕不是一般清單）。此外，皇帝在外巡狩時，會有皇子或在京親信大臣如大學士伊桑阿、武英殿總管赫世亨等定期以滿文繕折報告見聞及交辦事務進展。步軍統領衙門也會以滿文繕折報告京師一些重要案件。
這些類似於後來的「內折」和「議覆片」。
整體而言，此一時期的奏摺（尤其是滿文奏摺）性質較為複雜，不甚系統，與後來成體制的奏摺制度並不相同。
康熙時期的密摺，亦由齎折人來京遞交，內務府有固定幾名帶有「奏事」頭銜的官員，品級大約在五六品之間，專司接收奏摺[9]；但不確定是否由前述奏摺傳遞流程遞入。部分奏摺朱批後直接由奏事官員返回給齎折人；還有大量的奏摺沒有朱批，不知道會如何處理。
3.2 咸豐帝逝世後贊襄政務王大臣時期（2023年8月22日～11月2日）
咸豐帝逝世時，遺命以載垣、端華、景壽、肅順、穆蔭、匡源、杜翰、焦祐瀛等八大臣贊襄政務，稱為贊襄政務王大臣，事實上在此後一段時間內代替了軍機處，承擔了在熱河處理奏摺的職權（但下屬辦事人員仍用軍機章京）。每日奏摺仍直達御前，兩宮皇太后先閱，然後發給八大臣，八大臣擬定諭旨後交由兩宮皇太后鈐印，再正式發出[10]。
咸豐帝逝世前，載垣等人已經秉政，每日將對奏摺的意見「夾籤進呈」，咸豐帝基本不加修改，直接作為最後處理意見發出。
咸豐帝逝世後，主上年少，八大臣益為專擅。他們要求各省提交奏摺時必須將奏摺目錄另繕清單單獨呈交他們，以便審核；並且還試圖繞過兩宮皇太后鈐印，以便利用新皇帝年幼無知、無法拒絕的弱點，直接以皇帝名義批示奏摺（儘管並未成功）[10]。11月2日，「辛酉政變」爆發，八大臣被廢，此一體制告終。
3.3 同治、光緒兩朝之皇太后垂簾聽政時期
在同治、光緒兩位皇帝親政以前，奏摺先交兩宮皇太后（慈安太后、慈禧太后二人）閱覽，然後發交軍機處；軍機大臣閱看後，當日召見時詢請兩宮皇太后意見，再行繕擬諭旨，次日再進呈兩宮皇太后閱訂，最終由軍機處代批。換言之，每件奏摺，要經過皇太后三次。
光緒七年（1881）慈安太后逝世，慈禧太后獨任，直至光緒十五年（1889）皇帝親政。
同治、光緒兩位皇帝親政後，流程基本與咸豐帝逝世前一致（也就是基本與盛清制度一致）[10]。皇帝發下軍機處的奏摺，軍機大臣會擇其重要者進呈皇太后閱覽。（換言之，敏感奏摺如不發下，似可瞞住皇太后[11]——當然，不發下也很難進入正式處理過程。）
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