1樓：
要想100%確定乙個表型的控制基因僅使用功能基因組學研究是不行的，必須要有充分的分子實驗證據。
想要確定某功能性狀是什麼基因控制的：
第一步：收集所有具有這個功能表型的基因組記為A組，並使用沒有這個表型的基因組作為對照記為B組，通過比較基因組學搜尋A組共有且B組沒有的基因，作為目標基因群，這個群裡面所有基因都是這個功能的「嫌疑基因」；
第二步：通過逐個敲除（也可以預先通過注釋的方法進行優先度排序）的方法，假如敲除a基因丟失了這個功能，那麼就a基因的嫌疑就很大了，但是仍不能100%確定，因為很可能是敲除這個基因影響了其他基因的表達；
第三步：將a基因通過轉基因轉移到乙個沒有這個功能也沒有a基因的個體，看其是否表現出了這個功能表型，如果有的話，那麼恭喜你，基本上就可以確定a基因控制這個功能。
真核的了解不多，原核的列舉一篇文獻：
Parks et al. 2013, Science, The genetic basis for bacterial mercury methylation
2樓：Dr.Hu
一般有兩個主要思路：
找一群在某性狀上有差異的樣本，調查他們的基因多樣性，然後把性狀多樣性和基因多樣性關聯起來（比如基因作圖，GWAS等）；
找來一堆樣本，把某個特定基因乾掉看性狀會發生什麼變化從而得到基因-性狀的關聯（比如基因敲除，genetic screen等）。
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