mRNA seq技術能篩除掉Pol II 轉錄的其他非編碼RNA嗎?

時間 2021-05-31 14:24:54

1樓:

普通的RNA-seq都會用oligo T去篩選出帶有ployA尾巴的mRNA去測序。所以測出來的RNA全是含有polyA尾巴的。對於非編碼RNA,有很多是有polyA尾巴的(可以參考今年cell綜述http:

)。但也有不少是不帶polyA尾巴的(比如來自於intron的長非編碼RNA,參看文章http://www.

),對於這種不帶尾巴的早在2023年就有文章專門研究如何測序(參看文章http://

)。現在包括ENCODE等國際專案都在按照這篇文章做沒有polyA的RNA的測序。如果乙個物種沒有標準的mRNA序列,也可以進行RNA-seq,然後對得到的序列進行拼接成轉錄本進行定量。

另外一些最新的三代測序平台可以測出幾十k長度的RNA,所以不用拼接,直接就是轉錄本的序列。

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