1樓：羅mio歐與朱律葉
大概有15個不同規模，不同實力的組織
1.Dragon
老大：愛華斯
代號為「龍」的學園都市最高絕密機關，幾乎無人知曉。
2.Group
老大：統括理事會
秘密處理「光明世界」無法處理的問題，滅口、鎮壓、暗殺
3.School
老大：垣根帝督and統括理事會
與Group同等級別的暗部組織。消除資料，暗殺
4.Item
老大：麥野沉利and統括理事會
防止包括統括理事會在內的上層部的失控及鎮壓其他暗部的暴動（全是妹子還有乙個雜役鐮池仕上（霧
5.Block
老大：佐久辰彥and統括理事會
監視學園都市與外部合作機構的聯絡，阻止技術外洩
6.Member
老大：「博士」
亞雷斯塔直屬
擁有眾多高科技技術的暗部組織，進行各種研究
7.獵犬部隊
老大：木原數多
亞雷斯塔直屬
執行特殊保密任務，手段十分殘忍
8.迎電部隊
亞雷斯塔直屬
專門應對情報洩漏尤其是非正常都市內外無線電聯絡，消除情報洩露源
9.新入生
老大：黑夜海鳥and統括理事會
新約中登場的暗部組織，職責不明
10.Study
老大：有富春樹andStudyCorporation公司
有富春樹個人掌控的民間類暗部，非官方暗部，負責給警備員供給零配件
11.黑鴉部隊
老大：莎特奧拉·塞克溫茨雅and星軌之門社
統括理事會所認證，解決民事問題的通常被都市內企業僱傭的維持緩衝部隊
12.食屍部隊（本名不明）
老大：統括理事會
《某科學的超電磁炮》與《某科學的一方通行》漫畫中登場的暗部組織，暗部二軍，非一線精銳
13.木原一族（屑
亞雷斯塔直屬
4千餘無級別區分判斷出某領域科學遭濫用時從該領域出現的執行者，暗部性質的科研團體
14.法式大餐
老大：統括理事會
統括理事亡本裹藏的私屬暗部，為其個人服務，主要是獲取食材，暗部二軍，非一線精銳
15.DA（弟弟
老大：菱形光比古and統括理事會
警備員的極端，堅持扭曲的正義，有超越普通警備員的裝備，後被肅清
摘編自度娘
2樓：一方通行
很多，大大小小都有。
比如暗部大戰裡的 「member」，「block」，「item」，「group」，「school」
科方裡的「DA」，「屍喰部隊」和法式大餐」。
劇場版裡的「黑鴉部隊」。
新約裡的「新入生」和創約里根丘為被他拯救的人提供淡出社會的暗部。
還有就是「dragon」以及木原的私人部隊之類的。
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