1樓：
材料方向可以試試Atomic Simulation Environment(ASE)。
2樓：
個人常用的是基於python的ASE包生成pov檔案然後用povray渲染，可以自動化，以及魔改材質引數。
這個本質上還是靠外部程式了，不過一回想，我還真寫過純python的實現。
剛入行時候寫過乙個指令碼用matplotlib硬畫，具體來說就是算好座標，然後矩形+扇形路徑當鍵，畫圓形當原子……看起來還行，但是慢的可以（lapotp，畫兩三百原子都要花五秒，比povray渲染還慢……
事實證明，不要重複造輪子……各種視覺化程式他們不香麼？
3樓：德雲社區
從原理上來說可以，關鍵是圖形一複雜 python 本身可能做不了，但其它 python 擴充套件還是有可能的
實在不行，可直接呼叫相關第三方 C/C++ 模組
4樓：
抽空回答乙個，一般來說繪晶胞圖不會用Python來搞，python一般是繪製二維的一些折線，柱狀圖~針對不同的方法用的比較多的軟體是，VASP->VESTA, LAMMPS->VMD, OVITO, ATOMEYE, 如果你做分子動力學，比較推薦OVITO，圖形介面友好，也提供了相對友好的Python介面
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