分層聚類樹狀圖的距離是怎麼算的?

時間 2021-06-07 21:09:59

1樓:拓端資料科技

瀉藥,分層聚類是一種可供選擇的方法,它可以自下而上地構建層次結構,並且不需要我們事先指定聚類的數量。

什麼是分層聚類?

分層聚類是一種可供選擇的方法,它可以自下而上地構建層次結構,並且不需要我們事先指定聚類的數量。

該演算法的工作原理如下:

將每個資料點放入其自己的群集中。

確定最近的兩個群集並將它們組合成乙個群集。

重複上述步驟,直到所有資料點位於乙個群集中。

一旦完成,它通常由樹狀結構表示。

讓我們看看分層聚類演算法可以做得多好。我們可以使用hclust這個。hclust要求我們以距離矩陣的形式提供資料。我們可以通過使用dist。預設情況下,使用完整的鏈結方法。

這會生成以下樹形圖:

從圖中我們可以看出,群集總數的最佳選擇是3或4:

要做到這一點,我們可以使用所需數量的群集來切斷樹cutree。

現在,讓我們將它與原始物種進行比較。

它看起來像演算法成功地將物種setosa的所有花分為簇1,並將virginica分為簇2 。

讓我們看看我們是否可以通過使用不同的連線方法更好。這一次,我們將使用平均連線方法:

這給了我們以下樹狀圖:

我們可以看到,群集數量的兩個最佳選擇是3或5.讓我們用cutree它來將它降到3個群集。

我們可以看到,這一次,該演算法在聚類資料方面做得更好,只有6個資料點出錯。

我們可以如下繪製它與原始資料進行比較:

這給了我們下面的圖表:

內部顏色與外部顏色不匹配的所有點都是不正確聚類的點。

2樓:magic2728

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