對於生物資訊學初學者來說,該優先選擇學習perl還是python呢?

時間 2021-05-29 23:35:58

1樓:張旭東

從三個角度比較:

資料分析:指的是對資料過濾、格式轉換、關聯、統計的能力。處理不規則的資料,Perl 正則最強,Python也不若,R 很差;R 和 Python 對矩陣(dataframe)形資料支援很強,不過我還是覺得 dplyr 比 pandas 好用一些;R 和 Python 統計能力也都不錯。

視覺化:Perl 繪圖弱爆了,R 有 ggplot,Python 有 matplotlib,如今也支援 ggplot。

生信支援:對生信的支援指的是生物資訊特有的一些分析,比如計算GC含量、取反向互補序列、富集、生存分析、WGCNA等。BioPerl 處理計算GC含量、取反向互補序列這種比較擅長;BioPython 較弱,平時我用的只有讀取各種格式序列這個功能;而 Bioconductor 太強大了。

所以,R 無疑是必學的,Python 完全可以取代 Perl,但是看在很多年老的軟體使用 Perl 寫的份上,建議學會 Python,看懂 Perl

2樓:Mo Liu

Python吧,總體來講Perl會比Python複雜一些但是功能更強大一點。

不過在生物資訊學上,因為不需要做很多的開發工作,主要是以程式設計為工具去處理生物問題,所以Python比較容易上手,功能也很多樣。

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