現如今識別拷貝數變異(CNV)的方法是什麼?能否詳細介紹?

時間 2021-06-02 15:57:17

1樓:sept sim

最近正在做這個,用一組有ground truth的資料嘗試了3個軟體:

CNVnator GitHub FP很高,難以做下游過濾BIC-seq2 還在run...

CNVkit GitHub 比較成功,通過適當的引數選擇可以得出sensitivity和specificity都是100%得結果

2樓:盧巨集超

CNV-seq;

cn MOPs;

Delly;

HMZ;

OncoCNV;

CopywriterR

GATK

Gindel

Hydra

CNVkit

GenomeStrip

Lumpy

CNV-RF

BIC-seq2

3樓:王理中

不詳細講了,分享乙個小筆記,有點亂,看的明白就算緣分吧。

CNVnator Based Analysis其實還是要自己看文獻研究的,想偷懶,沒門!

CNVnator here

Genome STRiP here

XHMM here

ExomeCNV

ExomeCopy

ExomeDepth

CoNIFER

CONTRA: Copy Number Analysis for Targeted Resequencing

More: Awesome-BioinfomaticsSoftware

如何看待現如今漢服現如今發展趨勢

不得不說,從抖音開始的這兩年已經不敢在碰,甚至是不想在碰任何與漢服有關的東西。入坑6年,從初一懵懵懂懂對漢服復興懷抱著偉大願望並一直愛著漢服到現在,在到現在高三變得對漢服現狀失望,以前的自己真的沒想到會這樣。當初的自己作為漢服萌新我小心翼翼的接觸漢服,生怕在規矩上出些差錯,因為我始終覺得漢服是老祖宗...

如何評價現如今的IG戰隊?

全體成員 2018年IG戰隊,從人員上來說確實五個點都是突出的,小將勇猛,老將穩健,戰術清晰,在整個聯賽裡面現在到了霸主的地位。整體實力磨合很高,從開賽初誇起的IG完全體,也確實是完全體。欠缺世界級比賽經驗, 大車車 我就說一下吧。ig小場超越edg,但是大場連勝和s6的edg還差的很遠,當乙個戰隊...

如何看待現如今的醫患關係?

明明 我去的小診所。以前從沒有長過痘,因為前段時間考研壓力大臉上爆痘,身體也有各種症狀,在學校時候在學校附近小診所看的,乙個女醫生,看我舌頭,詢問我各種身體狀況,買了一周的中成藥,花了我七八十塊錢,然後這段時間回到家以為不會再長痘了,結果依然長又硬又大又疼的痘,而且慢慢會變成黑色的痘印,因為怕在臉上...