1樓:丙隊長
看了5個回答,感覺有點奇怪。
題主的問題不是很明確。16sRNA,一般語境下會指代核醣體的16S RNA。
S表示沉降係數,有回答說得很清楚。編碼16S RNA的基因叫16S rDNA。
16S RNA本身極難測,豐度不是特別高,而且還跟核醣體蛋白摻和在一起。所以一般是測對應的DNA,也就是16S rDNA。
而測16S rDNA不一定要用高通量測序,用27F和1492R擴增,然後構建載體,轉大腸桿菌,挑轉殖測一代,兩端都測,中間拼起來,這也是可行的。
當然現在很多人用16S的1-2個高變區的引物擴增,然後上高通量測序,然後利用生物資訊學的方法進行分析,這就和 @chen586 的回答接上了。這個思路不一定要用1-2個高變區,用上述的27F和1492R擴增全長的9個高變區也可以。
以上是關於16sRNA的內容。
高通量測序是一類測序技術的統稱,目前一般指的是Illumina、華大智造、ThermoFisher、PacBio、Nanopore等的測序儀,本質上是大規模並行測序。有的測序儀測得長,有的測得短。但是都可以測16S。
需要注意,測16S不是必須用高通量測序,一代的Sanger也是可以的。
2樓:
高通量測序技術是一種測序技術,16S rRNA基因測序是一種測序策略,類似的策略還有基因組、巨集基因組鳥槍法測序,轉錄組測序,巨集轉錄組測序等,這些測序策略是通過高通量測序技術來實現的。
高通量測序技術的關鍵創新在於可逆終止PCR和螢光顯微拍照的結合。詳情如下:
第二代測序原理的詳細解析!
16S rRNA基因也叫16S rDNA,16S rRNA基因測序是指通過PCR將微生物DNA中的16S rDNA擴增出來,由於測序讀長限制一般只擴增1-2個區例如V3-V4、V4-V5區,擴增出來後通過高通量測序儀進行測序,從而獲得序列資訊,優點是成本低,缺點是無法獲得功能基因,群落資訊有限,目前優秀文章大都是巨集基因組鳥槍法測序而不是16S rRNA。
3樓:張小楠
個人理解是16s被包含於高通量測序。高通量測序是一種技術,然後16s是一種專門的方法是用於測細菌,18s測真菌。
高通量測序是個統稱吧,就是測具體的鹼基對技術。16s是一條片段上具有特異性的基因,所以它能反映出細菌物種。對應的18s是特異的真菌上的片段,也能反映出真菌物種。
4樓:123456
我猜你說的應該是16SrDNA測序
16SrDNA測序不是一種測序技術,只是通過對目標區域DNA測序,對微生物進行種屬鑑定的鑑定方法.
16S中的S指的是沉降係數,在微生物中沉降係數為16S的rRNA,它是核醣體上的乙個亞基。其對應的rDNA在具有很高的保守型,能夠反應物種間的親緣關係;長度在1.5Kb左右,非常方便測序,所以把16SrDNA作為一種可靠的微生物種屬鑑定方式。
當然,後續的測序技術一般也是高通量測序。
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