請問mega建立ML最大似然法的系統發生樹時引數如何設定?

時間 2021-06-08 13:10:08

1樓:「已登出」

Mega的最大似然法有兩個地方必須手動設定,兩個地方推薦預設設定,兩個地方可以根據需要設定。

我用的是Mega7,MegaX應該一樣,但我不喜歡X的UI.

Mega提供了16種模型,4種位點間速率,共有64種組合。

我們沒有辦法判斷用哪種引數,只能用mega自帶的程式進行測試。

然後會進入乙個漫長的計算階段,可以去倒杯咖啡。

還在算。。。。

還在算。。。。。。。。

還在算咖啡喝完了,可以去趟廁所,帶薪拉屎,多麼開心!

還在算還在算

真的,平時用鄰接法就好!

還在算結果如下,如果沒有特殊要求,越靠上的結果越好。

除非特殊需要,沒有必要更改它們。

其餘和鄰接樹一樣,值得一提的是,最大似然法比鄰接法慢得多(但比Bayes快),趑趄次數多了會顯著拖慢運算,可以根據需要設小一點(比如500)。執行緒數可以設大一點(不過我沒感覺到快多少,但CPU占用真的上去了)。

然後就是更加漫長的等待!

現在是便秘福利時間!!!

(不行了,我偷偷把bootstrap再改小一點,不然天亮都寫不完收工!參考:《輕鬆構建系統發育樹》第9章最大似然法

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