如何評價華大推出的BGISEQ 500?

時間 2021-05-12 17:50:33

1樓:

對於樓上各位提出的華大這款機子是不是也是和illumina一樣是邊合成邊測序,作一些補充。

我理解的華大這款測序的原理應該和illumina的原理是不同的,查了原文獻,原理如下圖,每隔五個鹼基讀一次,雖然最後怎麼拼起來的,表示還木有太想明白,不過反正乙個測序的DNA球球上的拷貝數辣麼多,最後應該是能夠拼起來的。

www.sciencexpress.org / 5 November 2009 / Page 1/ 10.1126/science.118149

2樓:

使用過illumina從Miseq到HiseqX的所有測序儀,自認對於illumina測序儀原理神馬的較為了解,現在也在用華大的BGISEQ-500測序儀,前面有回答說BGISEQ-500是正面直剛Nextseq500來的,那我就在使用方面做一下評價。

首先,我們有NIPT專案在做。眾所周知,各家公司現在都對NIPT週期壓縮的很嚴格,幾乎沒有多少喘息的餘地。BGISEQ-500恰好有一款IVD機型,專門針對臨檢的,那就比較一下這兩個在NIPT的表現。

Nextseq500在做NIPT的時候使用的測序策略是SE75(有些公司比如貝瑞是SE36),執行時長為11個小時(其中包括測序過程9個半小時和測序後自動wash乙個半小時,測序的9個半小時結束之後其實既可以拆分了),之後拆分1~2個小時,資料分析各家不同,大概是2~4個小時;前期預處理提取建庫這些流程應該是比較成熟的了,加起來大概需要兩天到兩天半的時間,庫檢和上機的時間大概不到一天。

在說一下BGISEQ-500,還是先說測序儀執行,測序策略是SE35,這是華大給的。測序時間上,單晶元執行1*1的時候33個小時,拆分1~2小時,後續分析5~6小時(雙晶元執行大概1小時乙個cycle,拆分1~2小時,分析10小時左右),時間上有點長,不過從上機之後,所有過程都可以自動完成(IVD,科研機型不知道,沒用過)。預處理提取建庫的時間差不多(同樣樣本量的情況下),不需要庫檢(僅限NIPT,其餘的還是需要做2100和定量的),不過上機前make DNB和loading的過程也需要半天多一點的時間。

就Q30而言,Nextseq500 SE75最後的平均Q30在93%以上,BGISEQ-500SE35也差不多,92%左右。

測序策略上Nextseq500有SE75/PE75/PE150可選,試劑上有中通量和高通量可選;BGISEQ-500有SE50/SE100/PE50/PE100/PE150可選,晶元有FCS和FCL可選。

BGISEQ-500 PE的技術是MDA技術,還是比較巧妙的。測序是邊合成邊測序,估計是為了規避illumina所以沒有提SBS。

總的來說,BGISEQ-500作為中國產的二代測序儀還是不錯的,最起碼藉著華大投放的東風使用還是不錯的,當然華大人喜歡講情懷這種事情在乙個沒在華大待過的人看來還是比較彆扭的。

缺點麼,就是執行時間長,乙個SE35竟然要33個小時,其他的可想而知;再有就是測序質量一般,illumina承諾測序質量都很低70%、75%之類的,主要是放置過多賠付;華大的85%應該是實際值,也可能還有點水分。還有就是上機前試劑還要另外加dNTP和連線酶,讓我想起了Hiseq2000的操作。嗯,,,,哦,,,,還有就是,希望華大的同仁能提高一下服務意識,不要總是那種高高在上的趕腳,讓人不太舒服。

大概說這麼多吧,以後想起來了再補充好了,如果有人感興趣的話。還是很希望華大把測序儀做好的,畢竟一款好用的中國產測序儀所有人都喜歡不是。作為乙個二代測序從業人員,真心的希望我國的測序事業越來越好。

3樓:

好事是好事,打破了illumina的壟斷,可是…一拍腦袋,還沒開始擠進醫院就一堆產品開始降價想整死同行,倒是心急吃不了熱豆腐,讓自己也舉步維艱。謹慎看好

4樓:1024號日系家用控

之前是cPAL,現在是cPAS,這個S就是合成。(參見http://omicsomics.

blogspot.hk/2015/10/this-weekend-brought-formal-launch-of.html

,不知道理解對不對)很好奇怎麼繞過I家的邊合成邊測序專利。

5樓:

中間有一段是正解,如果這款儀器真能跑起來,熱鬧官司即將開始,就別想大大帶著的可能性了;同時為華人在美國生物醫藥界的名聲擔心。

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