生物資訊學一些基本的常用軟體有哪些?

時間 2021-06-03 19:33:07

1樓:

生物資訊的起源是序列之間的相似性評估:

對應軟體: BLASTP

生物資訊NGS時代的短序列處理:

對應軟體: BWA

生物資訊的軟體包自動配置時代:

對應軟體: CNVkit (python-conda)視覺化工具

對應軟體: R-ggplot

然後是linux 的瑞士軍刀:

對應軟體: shell | awk | grep | sed | perl

多組學的檢視工具:

對應軟體: IGV / UCSC genome browser基本上這些搞完大部分的任務都可以摸索出來了。

2樓:何史提

BLAST: BLAST: Basic Local Alignment Search Tool

Joinsolver: Welcome to JOINSOLVER (用於分析免疫球蛋白序列)

3樓:peter gao

本來不敢來回答這個問題的,看樓主是來問基本的常用軟體,所以斗膽來回答一下。

基本的綜合分析軟體DNASTAR的 Lasergene,我剛剛開始用的時候還是DNDstar,不知道為什麼現在變成這個名字了。

有些人喜歡用BioEdit這個功能和前面的差不多,不過我用的比較少。

做序列比對使用的Clustal X。

前面有人提到做進化分析的PHYLIP,這個我只用過一兩次。

還有就是MEGA,這個做進化分析比較好使些。

引物設計的Primer Premier, Oligo。

還有些看蛋白三維圖譜的軟體,我知道的比較少,期待後面有人來補充啦。

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