1樓：漫畫怪蜀黍
分別利用顏色（colour）和形狀（shape i.e. pch）進行分組很多屬性需要單獨設定。
用到的物件有
幾何屬性（Geom，Geometric objects）
統計轉換（Stat，Statistical transformations）
標度（Scales）
座標系（xlab, ylab, coor, coordinate system）
主題（theme）
暫時未用到分面（faceting）
myData <- read.csv("data.csv") myData2 <- myData[,-20] myData3 <- na.
omit(myData2) pr<-prcomp(myData3[,5:20],scale=TRUE) pca <- pr$x ####一下為ggplot2繪圖 library(ggplot2) pca <- as.data.
frame(pca) pca$salinity <- myData3$Salinity pca$climate <- myData3$Climate pca$ecotype <- myData3$Ecotype pca$name <- myData3$Plant.name theme<-theme(panel.background = element_blankpanel.
border=element_rect(fill=NApanel.grid.major = element_blankpanel.
grid.minor = element_blankstrip.background=element_blankaxis.
text.x=element_text(colour="black"axis.text.
y=element_text(colour="black"axis.ticks=element_line(colour="black"plot.margin=unit(c(1,1,1,1),"line"legend.
title=element_blanklegend.key = element_rect(fill = "white"percentage <- round(pr$sdev / sum(pr$sdev) * 100, 2) percentage <- paste( colnames(pca), "(", paste( as.character(percentage), "%", ")", sep="") ) p <- ggplot(pca, aes(x=PC1, y=PC2,shape=paste(salinity, climate), colour=ecotype,label=name)) #p <- p + geom_point()+geom_text(size=3) + theme p <- p + geom_point(size=3) + theme + xlab(percentage[1]) + ylab(percentage[2]) + scale_shape_manual(values = c(15,17,0,2),labels=c("Salt in Fanggan","Salt in Panjin","Fresh in Fanggan","Fresh in Panjin"))+ stat_ellipse(aes(shape = NULL))+ scale_x_continuous(limits = c(-6,6))+ scale_y_continuous(limits = c(-5,5.
5)) p
2樓：不會畫圖請找我
把分組檔案合併到pca的結果裡，merge函式。
然後用ggplot2在aes裡設定group,shape, color,
後續可用scale_shape_manual之類的調整。
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